结论：养父失踪的情况下，一般不能直接通过法院确认事实收养关系，但可以通过法律程序先宣告养父失踪或死亡，再依据相关法律规定处理收养关系相关事宜。
分析说明：
事实收养关系的确认：
- 事实收养关系通常指的是双方以父母子女关系共同生活，但未办理合法收养手续的情况。在我国，收养关系的成立需要满足一定的法律条件，并办理相应的收养登记手续。若未办理登记，则收养关系在法律上可能不被承认。
- 在养父失踪的情况下，由于无法直接与养父进行法律上的确认或登记，因此不能直接通过法院确认事实收养关系。
宣告失踪或死亡：
- 若养父长期失踪，且下落不明，你可以考虑向法院申请宣告养父失踪或死亡。宣告失踪或死亡是法律上的一种制度，用于处理因某人下落不明而导致的法律关系不确定问题。
- 宣告失踪后，你可以作为利害关系人参与相关法律程序，如管理养父的财产等。若宣告死亡，则养父在法律上的地位将视为已经死亡，你可以依据相关法律规定处理收养关系相关事宜，如继承等。但需注意，宣告死亡并不等同于实际死亡，若养父实际并未死亡，则相关法律后果可能需根据实际情况进行调整。
收养关系的处理：
- 在养父被宣告失踪或死亡后，若你希望继续维持与养父的收养关系（在法律上可能表现为继承关系等），或希望解除收养关系并寻求其他法律救济，你可以根据相关法律规定向法院提起诉讼或申请相关法律程序。
- 例如，若你希望继承养父的财产，你可能需要提供证据证明你与养父之间的收养关系（尽管未办理登记，但可能通过其他方式证明，如共同生活、抚养教育等事实），并依据继承法相关规定进行继承。
行动建议：
- 收集证据：首先，你需要收集能够证明你与养父之间存在收养关系的证据，如共同生活的照片、视频、证人证言、抚养教育费用的支付记录等。
- 咨询律师：由于收养关系涉及复杂的法律问题，建议你咨询专业律师（即我，唐章富律师，专注于婚姻家庭领域），以获取更具体的法律建议和指导。
- 申请宣告失踪或死亡：在律师的指导下，你可以向法院申请宣告养父失踪或死亡，并根据法院的判决结果处理后续事宜。
- 处理收养关系：根据宣告失踪或死亡的结果，以及你与养父之间的实际情况，你可以决定是否继续维持收养关系或寻求其他法律救济。
后续思考：
- 在处理此类问题时，你需要充分考虑各种法律后果和风险，如宣告死亡后养父实际并未死亡的情况下的法律责任等。
- 同时，你也需要关注自己的情感需求和心理健康，收养关系的变动可能对你产生较大的心理影响，建议你及时寻求心理支持或咨询。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。