您可以按照以下步骤申请劳动仲裁，来主张口头约定的年薪差额部分：

1. 收集证据：

   • 证明口头约定的存在：尽可能寻找能证明口头约定年薪12万的证据，比如与雇主或相关负责人的聊天记录、邮件往来、通话录音等。这些证据需要能清晰反映出双方关于年薪的约定内容。
   • 证明实际发放情况：收集每月工资条、银行流水等，证明每月实际只发放了3000元底薪，与口头约定的年薪存在差额。
   • 其他辅助证据：如同事证言（如果有同事知晓该约定）、工作记录等，也能在一定程度上辅助证明您的主张。

2. 确定仲裁请求：

   • 明确您要求雇主支付的具体金额，即年薪12万与已支付工资（每月3000元，按实际工作月数计算）之间的差额。
   • 如果因为雇主未支付足额工资给您造成了其他损失（如利息损失等），也可以一并提出，但需要提供相应的证据。

3. 撰写仲裁申请书：

   • 仲裁申请书应包含您的基本信息、被申请人的基本信息、仲裁请求、事实与理由等部分。
   • 在事实与理由部分，详细阐述口头约定的内容、实际发放情况、以及您认为雇主应支付差额的理由。

4. 提交仲裁申请：

   • 将仲裁申请书及相关证据提交至您工作地或雇主所在地的劳动争议仲裁委员会。
   • 提交时，注意按照仲裁委员会的要求填写相关表格，并缴纳仲裁费用（如果有的话）。

5. 参与仲裁过程：

   • 仲裁委员会受理申请后，会安排开庭审理。您需要按时参加庭审，并陈述自己的主张和提供证据。
   • 在庭审过程中，注意保持冷静，清晰、准确地回答仲裁员的问题。

6. 等待仲裁结果：

   • 庭审结束后，仲裁委员会会作出裁决。如果裁决支持您的请求，雇主需要按照裁决结果支付差额部分。
   • 如果雇主不履行裁决结果，您可以向人民法院申请强制执行。

在申请劳动仲裁过程中，有几点需要特别注意：

• 证据的充分性：证据是仲裁成功的关键。务必确保您收集的证据能够充分证明口头约定的存在以及实际发放情况。
• 仲裁时效：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。从您知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。因此，请尽快申请仲裁，以免超过时效期间。
• 法律程序：遵循法律程序是保障您权益的基础。请按照仲裁委员会的要求填写表格、提交证据、参加庭审等。

如果您在申请劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。