结论：二甲医院开具的疾病证明单位不认可是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从多个角度进行分析：

1. 疾病证明的合法性基础

根据《医疗机构管理条例》第三十二条，医疗机构出具的诊断证明、医学检验报告等医学文书，应当真实、客观、准确。二甲医院作为合法医疗机构，其开具的疾病证明在形式上具有合法性，但单位是否认可还需结合以下因素：

• 证明内容与实际病情的关联性：若疾病证明内容与患者实际病情不符（如虚构病情、夸大严重程度），单位有权质疑其真实性，甚至拒绝认可。
• 证明的用途是否合法：若疾病证明用于非法目的（如骗取病假、保险理赔等），单位不仅有权拒绝认可，还可能追究相关法律责任。

2. 单位拒绝认可的合法性分析

单位拒绝认可疾病证明的合法性需分情况讨论：

• 单位有合理理由质疑证明真实性：
  若单位发现疾病证明存在明显瑕疵（如医生签名不实、医院公章伪造），或通过其他途径（如委托第三方鉴定）证实证明内容不实，其拒绝认可的行为具有合法性。此时，患者可通过法律途径（如起诉医院）主张权利，但单位无需承担法律责任。
• 单位无合理理由拒绝认可：
  若疾病证明形式合法、内容真实，且与患者实际病情相符，单位仅因主观怀疑（如认为患者“装病”）而拒绝认可，则可能构成违法。根据《劳动法》第七十七条，劳动者与用人单位发生劳动争议时，可通过调解、仲裁或诉讼解决。此时，患者可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求单位承认疾病证明的效力。

3. 患者如何维护自身权益

若单位拒绝认可疾病证明，患者可采取以下措施：

• 与单位协商：
  首先尝试与单位沟通，提供补充材料（如病历、检查报告）以证明病情真实性。若单位仍不认可，可要求其出具书面拒绝理由。
• 申请劳动仲裁：
  若争议涉及病假、工资等劳动权益，患者可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，要求单位承认疾病证明的效力并支付相应待遇。
• 起诉医院（如证明存在瑕疵）：
  若疾病证明本身存在问题（如医生误诊、医院违规出具证明），患者可向法院起诉医院，要求其承担赔偿责任。

4. 单位应注意的法律风险

单位在处理疾病证明时需谨慎，避免因不当拒绝引发法律风险：

• 不得滥用质疑权：
  单位无权仅凭主观怀疑拒绝认可合法疾病证明，否则可能构成对劳动者权益的侵害。
• 保留质疑证据：
  若单位对疾病证明真实性存疑，应通过合法途径（如委托鉴定）核实，并保留相关证据，以避免在仲裁或诉讼中承担不利后果。

建议：若您遇到单位拒绝认可疾病证明的情况，建议首先核实证明的真实性与合法性，再根据具体情形选择协商、仲裁或诉讼等途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。