单位不认可公立二甲医院的诊断或相关医疗文件，并不直接构成违法，但需视具体情况判断其合理性及后续处理方式。以下从不同角度为您详细分析：

1. 单位不认可的合理性

   • 单位性质与规定：如果单位有特定的健康标准或医疗要求（如某些特殊行业、岗位对员工健康状况有特定标准），且这些标准或要求有明确的法律依据或行业规范支持，那么单位在核实员工健康状况时，可能会要求员工提供符合其标准的医疗证明。在这种情况下，如果公立二甲医院的诊断或证明不符合单位的要求，单位可能会提出异议。但这种异议应当基于合理、合法的标准，且不能违反法律法规的强制性规定。
   • 医疗证明的局限性：医疗诊断本身可能存在一定的主观性和不确定性，不同医生、不同医院对同一病症的诊断可能存在差异。因此，单位对医疗证明的质疑，在一定程度上是可以理解的。然而，这种质疑应当通过合法、合理的途径进行，如要求员工提供进一步的医疗检查或咨询其他医疗专家，而不是简单地不认可公立二甲医院的诊断。

2. 单位不认可的违法性判断

   • 无直接违法性：单位不认可公立二甲医院的诊断或证明，并不直接构成违法。因为单位并非医疗机构，其没有法律义务必须认可所有医疗机构的诊断。但是，如果单位因此拒绝为员工提供合理的医疗待遇、解除劳动合同或采取其他不利措施，且这些措施没有法律依据或违反了相关法律法规的规定，那么单位的行为就可能构成违法。
   • 可能涉及的违法情形：如果单位以不认可医疗证明为由，侵犯员工的合法权益（如拒绝支付医疗费用、拒绝安排病假、解除劳动合同等），那么员工可以依法维护自己的权益。例如，根据《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，员工在患病或非因工负伤期间，享有相应的医疗期和病假待遇。如果单位违反这些规定，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 建议与措施

   • 与单位沟通：如果单位不认可公立二甲医院的诊断或证明，员工首先可以尝试与单位进行沟通，了解单位的具体要求和理由，并尝试提供进一步的医疗证明或解释来消除单位的疑虑。
   • 寻求法律援助：如果沟通无果，且单位的行为侵犯了员工的合法权益，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。
   • 保留证据：在整个过程中，员工应当注意保留相关证据（如医疗证明、沟通记录、单位通知等），以便在需要时证明自己的权益和主张。

总结来说，单位不认可公立二甲医院的诊断或证明并不直接构成违法，但需视具体情况判断其合理性及后续处理方式。如果单位因此侵犯了员工的合法权益，员工可以依法维护自己的权益。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。