结论：在不续签劳动合同的情况下，经济补偿的计算通常基于劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非劳动合同中约定的最低标准工资。因此，即使劳动合同中写的是最低标准工资，但实际发放工资高于最低工资，经济补偿也应按照实际发放的平均工资来计算。

详细分析：

1. 经济补偿的计算依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非劳动合同中约定的工资。

2. 实际发放工资高于最低工资的影响：

   • 如果劳动合同中约定的工资是最低标准工资，但实际发放的工资高于这个标准，那么在经济补偿的计算中，应以实际发放的平均工资为准。
   • 这是因为经济补偿的目的是为了补偿劳动者因劳动合同解除或终止而可能遭受的经济损失，而实际发放的工资更能反映劳动者的实际收入水平。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果劳动合同中约定的工资与实际发放的工资存在差异，且这种差异是由于用人单位的违法行为（如未足额支付工资）导致的，那么劳动者在主张经济补偿时，可以要求用人单位按照实际发放的工资标准进行补偿。
   • 另外，如果劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月内，存在加班、奖金、津贴等额外收入，这些收入也应计入平均工资的计算范围内。

4. 具体计算示例：

   • 假设劳动者在用人单位工作了3年，劳动合同中约定的工资是最低标准工资（如2000元/月），但实际发放的工资平均为5000元/月。
   • 那么，在经济补偿的计算中，应以5000元/月为基数，计算3个月的经济补偿，即5000元/月 × 3月 = 15000元。

建议与提醒：

• 在处理劳动合同纠纷时，劳动者应保留好相关证据，如工资条、银行转账记录等，以证明自己的实际收入水平。
• 如果用人单位拒绝按照实际发放的工资标准支付经济补偿，劳动者可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。