针对您提出的“自建房在楼顶已经建房屋怎样办理合法手续”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，无论是在原有房屋上加建还是在楼顶新建房屋，都需要遵循相关的法律法规和规划要求，确保建设的合法性和安全性。针对您的情况，我建议您按照以下步骤来办理合法手续：
一、了解相关政策和规定
咨询当地自然资源部门：了解新建自建房的用地和规划审批管理要求，确认您的加建或新建计划是否符合当地的土地利用规划和城乡规划。
咨询农业农村部门或乡镇政府：了解农村宅基地的批准书核发工作相关流程，确认您是否具备在楼顶新建房屋的宅基地使用资格。
二、准备相关材料
根据您的情况，可能需要准备以下材料（具体材料可能因地区而异，请以当地要求为准）：
申请书：向村委会提出申请，说明新建房屋的原因、位置、面积等信息，并请村委会同意后在申请表上盖章并签字。
乡村建设规划许可证：向乡镇人民政府申请乡村建设规划许可证，这是新建房屋的重要凭证。
农村宅基地批准书：如果您是在农村宅基地上新建房屋，需要向农业农村部门或乡镇政府申请农村宅基地批准书。
房屋设计图纸：提供新建房屋的设计图纸，确保符合相关技术标准和安全要求。
测绘资料：联系测绘公司对新修房屋进行测绘，并提供测绘资料，用于后续的不动产登记。
其他材料：根据当地要求，可能还需要提供身份证明、户口本、房屋照片等其他材料。
三、提交申请并等待审批
将准备好的材料提交给乡镇人民政府或相关部门进行审批。审批过程中，相关部门可能会对您的申请进行实地勘察，确认新建房屋的位置、面积等信息是否符合规划要求。
四、办理施工许可和竣工验收
施工许可：如果您的新建房屋属于“限额以上”（工程投资额超过100万元且建筑面积超过500平方米），需要依法办理施工图审查、施工许可等手续。
竣工验收：新建房屋完成后，需要组织相关部门进行竣工验收，确保房屋符合相关技术标准和安全要求。验收合格后，方可交付使用。
五、办理不动产登记
最后，您需要携带乡村建设规划许可证、农村宅基地批准书、竣工验收意见表及测绘报告等材料，到不动产登记中心办理不动产登记手续，领取不动产权证书。
在整个过程中，我建议您保持与相关部门的沟通联系，及时了解审批进度和要求变化。同时，也请注意遵守相关法律法规和规划要求，确保新建房屋的合法性和安全性。希望这些解答能对您有所帮助！