结论：五家投标废了三家，剩下两家是否合法，不能一概而论，需要结合具体的招标文件规定、废标原因以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从招标文件规定角度分析
招标文件有明确规定：
- 如果招标文件中明确规定了有效投标人的最低数量要求，例如要求至少有三家有效投标人才能开标或评标，那么废标三家后仅剩两家，通常会被视为不符合招标文件规定，此时剩下的两家投标可能不合法，招标流程可能需要重新进行。
- 如果招标文件未对有效投标人的数量作出明确规定，或者规定了在特定情况下（如废标后）可以减少有效投标人数量继续评标，那么剩下两家投标可能是合法的。
招标文件无明确规定但行业惯例或地方性法规有要求：
- 在某些行业或地区，可能存在行业惯例或地方性法规对有效投标人的数量有要求。如果废标三家后仅剩两家，且不符合这些要求，那么剩下的两家投标可能不合法。
二、从废标原因角度分析
废标原因合法合规：
- 如果废标的原因是基于合法合规的审查，如投标文件不符合招标文件要求、投标人资质不满足条件等，且这些废标决定得到了招标人或评标委员会的认可，那么废标三家后剩下两家，只要符合招标文件或其他相关规定，通常是合法的。
废标原因存在争议或违法：
- 如果废标的原因存在争议，或者废标决定本身违法（如评标委员会成员存在偏见、招标人恶意废标等），那么废标三家后剩下两家可能不合法。此时，被废标的投标人或相关利益方有权提出异议或投诉。
三、从相关法律法规角度分析
《招标投标法》及相关规定：
- 根据《招标投标法》及相关规定，招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。如果废标三家后剩下两家，且这一结果符合这些原则以及招标文件的规定，那么通常是合法的。
- 同时，相关法律法规也可能对有效投标人的数量、废标程序等作出具体规定。如果废标过程或结果违反了这些规定，那么剩下的两家投标可能不合法。
其他相关法律法规：
- 除了《招标投标法》外，还可能涉及其他相关法律法规，如《合同法》、《反不正当竞争法》等。如果废标三家后剩下两家，且这一结果违反了这些法律法规的规定，那么剩下的两家投标同样可能不合法。
四、建议与风险提示
- 对于招标人：在废标后，应仔细审查招标文件规定、废标原因以及相关法律法规，确保剩下的投标人数量符合规定且废标过程合法合规。如果存在疑问或争议，建议咨询专业律师或相关机构。
- 对于投标人：如果自己的投标被废标，应仔细审查废标原因和招标文件规定，判断废标决定是否合法合规。如果认为废标决定存在争议或违法，有权提出异议或投诉，并寻求法律救济。
总结：五家投标废了三家剩下两家是否合法，需要结合具体情况进行判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。