针对您提出的事业单位撤销员工自动离职决定应该如何操作的问题，这实际上涉及到一个逆向处理流程，即如果单位原本已对员工做出了自动离职（或解除聘用合同）的决定，但后续因某些原因（如员工申诉成功、新证据出现等）需要撤销该决定，那么应遵循以下步骤和注意事项：

一、明确撤销决定的法律依据与前提

1. 法律依据：撤销决定需基于新的证据或事实，这些证据或事实应足以推翻原先的自动离职认定。例如，员工能证明其未到岗是由于不可抗力（如重病、自然灾害等）或单位误解导致的。

2. 前提条件：在撤销决定前，单位应确保已充分听取员工的解释和申诉，并进行了全面的调查核实。

二、撤销决定的流程

1. 内部审查：

   • 由单位人事部门牵头，联合工会、纪检等部门，对原先的自动离职决定进行重新审查。
   • 审查内容包括：员工的考勤记录、沟通记录、公告催告记录、解除聘用合同决定书等。
   • 同时，收集并评估员工提供的新证据或事实。

2. 召开会议讨论：

   • 在审查完毕后，召开会议讨论是否撤销原先的自动离职决定。
   • 会议应邀请员工代表（如工会成员）参加，确保决策的公正性和透明度。

3. 形成书面决定：

   • 如果会议决定撤销原先的自动离职决定，应形成书面文件，明确撤销的理由、依据和日期。
   • 书面决定应由单位负责人签字并加盖公章，以确保其法律效力。

4. 通知员工：

   • 将撤销决定的书面文件送达员工本人，并保留送达凭证（如邮寄回执、员工签字确认等）。
   • 同时，向员工说明撤销决定后的后续安排，如恢复工作岗位、补发工资等。

三、办理后续手续

1. 恢复工作岗位：

   • 根据撤销决定，为员工恢复原先的工作岗位或安排相当的工作。
   • 确保员工能够顺利回归工作，避免因岗位调整引发新的纠纷。

2. 补发工资与社保：

   • 自撤销决定生效之日起，补发员工在自动离职期间未发放的工资和福利。
   • 同时，恢复为员工缴纳社会保险和公积金。

3. 更新档案记录：

   • 在员工的人事档案中更新撤销自动离职决定的记录，确保档案信息的准确性和完整性。

四、风险防范与建议

1. 完善制度：

   • 在员工手册或单位规章制度中明确自动离职的撤销程序和条件，为处理类似情况提供制度依据。

2. 加强沟通：

   • 在处理自动离职和撤销决定时，加强与员工的沟通，确保员工了解单位的决策过程和依据。

3. 证据留存：

   • 保存好所有与自动离职和撤销决定相关的证据和文件，以备不时之需。

五、示例说明

假设某事业单位员工李某因连续旷工被单位认定为自动离职并解除了聘用合同。但后续李某提供了医院出具的重病证明，证明其未到岗是由于重病住院治疗。单位在核实后决定撤销原先的自动离职决定。那么，单位应按照上述流程形成书面撤销决定，通知李某并恢复其工作岗位，同时补发工资和社保，并更新档案记录。

综上所述，事业单位撤销员工自动离职决定需严格遵循法律程序和内部规章制度，确保决策的公正性、透明度和合法性。