针对您提出的“事业单位自动退职怎么办”的问题，这实际上涉及到了事业单位人员自动离职后的退休手续办理及相关注意事项。以下是我为您整理的详细解答：
一、自动离职与退休的基本前提
首先，需要明确的是，自动离职（即未经单位批准擅自离岗）并不直接等同于退职或退休。若您希望在自动离职后办理退休，需确保满足以下基本条件：
养老保险缴费情况：自2014年10月1日机关事业单位养老保险制度改革后，您需确保已以灵活就业人员身份或其他方式继续缴纳养老保险，且累计缴费年限（含视同缴费年限）满15年。
达到法定退休年龄：男性需满60周岁，女性工人需满50周岁，女性干部需满55周岁。
二、自动离职后的处理流程（为退休做准备）
确认离职事实并办理手续：
- 核查您的考勤记录，确认是否达到自动离职的标准（如连续旷工超过15个工作日或1年内累计旷工超过30个工作日）。
- 若已决定离职，应向单位提交书面辞职申请，并等待单位的书面批复。批复同意后，获取辞职证明书，并协助办理档案托管、社保转移等人事手续。
关注档案与社保的连续性：
- 确保您的个人档案得到妥善保管，这是后续认定视同缴费年限和办理退休手续的重要依据。
- 社保转移手续需及时办理，以确保您的养老保险缴费记录连续不断。
三、退休手续的办理流程
准备材料：
- 身份证、户口本、个人档案、养老保险缴费凭证等。
- 若存在视同缴费年限，需准备相关证明材料，如工作证明、工资单等。
提出申请：
- 在达到法定退休年龄前，向当地社保经办机构提出退休申请。申请方式可选择线上或线下进行。
审核与待遇核算：
- 社保经办机构将对提交的材料进行审核，特别是缴费年限和年龄信息。
- 审核通过后，根据您的缴费情况和当地养老金计发办法核算养老金，并从次月起发放。
四、特殊情况及解决办法
档案问题：
- 若档案丢失或无法取出，应及时与原单位沟通解决。若原单位不配合，可通过上级主管部门、劳动仲裁或诉讼等途径解决。
视同缴费年限争议：
- 对视同缴费年限认定有异议时，可向社保经办机构提出复查，并提供证明材料。仍不满意者，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
退休金计算问题：
- 退休金由基础养老金和个人账户养老金组成，具体计算方法可咨询当地社保部门。确保您了解自己的退休金构成和计算方式。
五、注意事项
- 确保手续合法完整：在整个过程中，应确保所有手续的合法性和完整性，以保障个人权益。
- 关注地区差异：根据地区和单位规定，可能需提供其他相关材料和证明。建议您提前咨询当地社保部门或单位人事部门。
- 选择合适的参保方式：在自动离职后，您可以选择保留机关事业身份办理退休或转为个人参保、企业参保。不同的参保方式将影响退休待遇的计算和标准，请根据自身情况做出合理选择。
综上所述，事业单位自动离职人员办理退休需综合考虑多个因素，并遵循一定的流程和规定。在整个过程中，请特别注意档案的完整性、视同缴费年限的认定以及退休金的计算方式，以确保个人退休权益得到充分保障。