核心结论：废止合同协议书需明确约定原合同已付款项的处理方式，若未约定则需根据废止原因、双方协商或法律规定处理。以下是具体分析：

一、废止合同协议书范本要点

废止合同协议书（又称“合同解除协议”）是双方协商一致终止原合同效力的法律文件，其核心条款应包括：

1. 双方信息：明确原合同双方主体（姓名/名称、身份证号/统一社会信用代码等）。
2. 原合同信息：写明原合同名称、编号、签订日期及主要内容（如标的、金额等）。
3. 废止原因：注明废止合同的具体原因（如协商一致、不可抗力、违约等）。
4. 已付款项处理：
   
   • 若原合同已部分履行（如一方已支付款项），需明确约定款项是否退还、如何退还（如分期退还、一次性退还）、退还时间及方式（银行转账、现金等）。
     
   • 若涉及违约金或赔偿，需在协议中明确金额及支付方式。
5. 其他条款：如保密义务、争议解决方式（诉讼/仲裁）、协议生效条件等。

示例条款：
“双方一致同意，自本协议生效之日起，原合同终止履行。甲方已向乙方支付的款项人民币XX元，乙方应于本协议签订后XX日内退还至甲方指定账户（账号：XXX）。”

二、废止后原合同已付款项的处理方式

根据废止原因及双方约定，已付款项的处理方式可能不同：

1. 协商一致废止

• 有约定：按废止协议中的约定处理（如退还部分款项、抵扣其他费用等）。
  
• 无约定：
  
  • 若原合同未履行或部分履行，已付款项通常应退还，但需考虑实际损失（如乙方为履行合同已产生的成本）。
    
  • 若双方均无过错，可能按公平原则分担损失（如各承担50%）。

2. 因一方违约废止

• 违约方支付款项：若违约方已支付款项（如定金、预付款），守约方有权根据原合同约定或法律规定没收部分或全部款项（如定金罚则）。
  
• 守约方支付款项：若守约方已支付款项，违约方需退还并可能需赔偿损失（如利息、实际损失等）。

3. 因不可抗力废止

• 双方均无过错，已付款项通常应退还，但需扣除已发生的合理费用（如运输费、保管费等）。

三、法律风险提示

1. 书面协议优先：废止合同必须签订书面协议，口头约定可能无效。
   
2. 明确退款账户：协议中需写明退款账户信息，避免争议。
   
3. 保留付款凭证：双方应保留原合同付款凭证（如转账记录、收据等），以备查证。
   
4. 税务处理：若涉及退款，需按税务规定开具红字发票或办理退税手续。

建议：若对废止协议条款或款项处理有疑问，可直接向我咨询，我会根据具体案情提供详细方案。