协商后合同作废文件，应当进行妥善的存档或销毁处理，具体处理方式需根据实际情况及法律规定来确定。以下从不同角度为你详细分析：
存档处理
- 法律依据与必要性：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，虽然合同已经协商作废，但保留作废文件可以作为双方曾经存在合同关系以及合同终止的证据。这在未来可能出现的纠纷中，如关于合同终止原因、双方责任等方面的争议，具有重要的证明作用。
- 存档方式：建议将作废的合同文件进行整理，按照时间顺序或合同类型进行分类存档。可以制作电子备份和纸质备份，电子备份应存储在安全可靠的设备或云端，纸质备份则应存放在防火、防潮、防虫的专用档案柜中。同时，应建立详细的存档目录，记录合同的基本信息（如合同名称、编号、签订日期、作废日期等），以便于查找和管理。
- 保密措施：由于合同文件中可能包含双方的商业秘密、个人隐私等敏感信息，因此在存档过程中应采取必要的保密措施。例如，对电子备份设置访问权限，只有授权人员才能查看；对纸质备份进行密封处理，并在档案柜上加锁等。
销毁处理
- 销毁条件：如果合同作废后，双方确认不再需要保留该文件作为证据，或者合同中明确约定了作废后应销毁文件，那么可以进行销毁处理。但在销毁前，应确保已经履行了所有与合同相关的义务，如支付款项、交付货物等，并且没有遗留任何可能引发纠纷的问题。
- 销毁方式：对于纸质合同文件，可以采用碎纸机碎纸、焚烧等方式进行销毁。在销毁过程中，应注意环保要求，避免对环境造成污染。对于电子合同文件，可以采用数据删除、磁盘格式化等方式进行销毁。但需要注意的是，简单的删除或格式化可能并不足以彻底清除数据，因此建议使用专业的数据销毁软件或寻求专业机构的服务。
- 销毁记录：无论采用何种销毁方式，都应制作销毁记录，记录销毁的时间、地点、方式以及参与销毁的人员等信息。销毁记录应由双方签字确认，并作为合同作废的附件进行存档（如果选择部分存档的话），以备后续查验。
额外建议：
- 在处理协商后合同作废文件时，建议双方签订一份书面的合同作废协议，明确约定合同作废的时间、原因、双方的权利义务以及文件处理方式等事项。这有助于减少未来可能出现的纠纷，并保障双方的合法权益。
- 如果对合同作废文件的处理存在疑问或不确定如何操作，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。