结论：合同中约定了管辖法院后，被告住所地法院通常不再具有管辖权，但也存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。因此，如果合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么应当按照合同约定来确定管辖法院，此时被告住所地法院将不再具有管辖权。
二、特殊情况
约定无效或不明确：
- 如果合同中的管辖约定无效，例如违反了级别管辖或专属管辖的规定，或者约定不明确，如约定了两个以上与争议无实际联系的地点的法院管辖，那么不能按照合同约定确定管辖法院。此时，可能需要根据法律规定的其他原则，如被告住所地、合同履行地等，来确定管辖法院。
合同未实际履行：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定，如果合同没有实际履行，且当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，那么由被告住所地人民法院管辖。这意味着，在这种情况下，即使合同中约定了其他管辖法院，也可能因合同未实际履行而由被告住所地法院管辖。
法定管辖的优先适用：
- 在某些特定类型的案件中，法律可能规定了特定的管辖法院，这些规定优先于当事人的约定。例如，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖等。在这些情况下，即使合同中约定了其他管辖法院，也应当遵循法律的特别规定。
三、实际操作建议
确保约定合法有效：
- 在签订合同时，应仔细审查管辖条款，确保其符合法律规定，避免违反级别管辖和专属管辖的规定。一个合法有效的管辖约定可以大大减少后续可能出现的管辖争议。
提出管辖异议：
- 如果一方违反约定到非约定法院起诉，另一方有权提出管辖异议，要求将案件移送至约定的管辖法院。这是维护自身合法权益的重要手段。
了解并关注例外情况：
- 在签订合同时，除了关注一般的管辖约定外，还应了解并关注可能存在的例外情况，如合同未实际履行、法定管辖的优先适用等。这些情况可能对管辖权的确定产生重要影响。
举例说明：假设甲公司与乙公司在A市签订了一份买卖合同，合同中明确约定“如发生争议，双方同意提交合同签订地（即A市）有管辖权的人民法院诉讼解决”。后来双方在合同履行过程中发生纠纷。在此情况下，如果合同中的管辖约定合法有效，且没有违反级别管辖和专属管辖的规定，那么应当由A市的法院管辖，被告住所地法院将不再具有管辖权。但是，如果合同没有实际履行，且甲公司和乙公司的住所地都不在A市，那么根据法律规定，可能由被告住所地法院管辖。
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