在合同中明确约定了管辖法院的情况下，原则上应当按照约定的管辖法院起诉，而不是选择被告所在地法院起诉。但这一原则也存在例外情况，以下是对此问题的详细分析：

1. 法律基础与原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 这意味着，如果合同中明确约定了管辖法院，且该约定符合法律规定，那么该约定具有优先效力，应当遵循。

2. 约定管辖的有效性：

   • 有效条件：合同中约定的管辖法院必须与争议有实际联系，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。只要满足这些条件，该约定即为有效。
   • 无效情形：如果约定的管辖法院违反了级别管辖或专属管辖的规定，或者约定不明确、无法确定具体的管辖法院，那么该约定可能被视为无效。

3. 例外情况下的管辖确定：

   • 管辖协议无效时的处理：如果管辖协议因违反法律规定而无效，那么应当根据《民事诉讼法》的其他规定来确定管辖法院。在这种情况下，如果被告所在地法院对案件有管辖权，且符合级别管辖和地域管辖的要求，那么可以选择向被告所在地法院起诉。
   • 合同未实际履行时的处理：如果合同没有实际履行，且当事人双方住所地都不在合同约定的履行地，那么由被告住所地人民法院管辖。

4. 实际操作建议：

   • 在签订合同时，应仔细审查管辖条款，确保其符合法律规定，避免违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 如果一方违反约定到非约定法院起诉，另一方有权提出管辖异议，要求将案件移送至约定的管辖法院。

综上所述，合同中约定了管辖法院后，原则上应当遵循约定向指定的法院提起诉讼。但在特定情况下，如管辖协议无效或合同未实际履行等，需要根据法律规定灵活处理。如果您在具体案件中遇到管辖问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议。