在合同中明确约定了管辖法院后，原则上应当按照约定的管辖法院起诉，不能随意在被告所在地起诉。但这一原则存在例外情况，当约定无效或合同未实际履行时，可能需要根据法律规定确定管辖法院。以下是对此问题的详细分析：
一、法律基础与原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。这意味着，有效的管辖约定具有优先效力，应当遵循。
二、约定管辖的有效性
有效条件：
- 只要合同中约定的管辖法院符合《民事诉讼法》的规定，即与争议有实际联系且不违反级别管辖和专属管辖，该约定即为有效。
- 此时，应当向约定的法院提起诉讼，排除其他法院的管辖权。
无效情形：
- 违反级别管辖或专属管辖：若约定的管辖法院违反了级别管辖（如将应由中级人民法院管辖的案件约定由基层法院管辖）或专属管辖（如涉及不动产纠纷却未约定不动产所在地法院），则该约定无效。
- 约定不明确或无法确定：如果合同中的管辖约定表述模糊，无法确定具体的管辖法院，该约定也可能被认定无效。
三、例外情况下的管辖确定
管辖协议无效时的处理：
- 当管辖协议因违反法律规定而无效时，应当根据《民事诉讼法》的其他规定来确定管辖法院。
- 例如，如果被告所在地法院对案件有管辖权，且符合级别管辖和地域管辖的要求，那么可以按被告所在地起诉。
合同未实际履行时的处理：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第十八条，如果合同没有实际履行，且当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。
四、实际操作中的建议
确保约定合法有效：
- 在签订合同时，应仔细审查管辖条款，确保其符合法律规定，避免违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 例如，避免将应由中级人民法院管辖的案件约定由基层法院管辖，或者将涉及不动产的纠纷约定由不动产所在地以外的法院管辖。
提出管辖异议：
- 如果一方违反约定到非约定法院起诉，另一方有权提出管辖异议，要求将案件移送至约定的管辖法院。
- 管辖异议应当在提交答辩状期间提出，并说明理由和提供相关证据。
灵活应对特殊情况：
- 在处理复杂的管辖问题时，如管辖协议无效或合同未实际履行等，需要根据法律规定灵活处理。
- 例如，在合同未实际履行且双方住所地都不在合同约定履行地的情况下，可以向被告住所地法院提起诉讼。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定由甲方所在地法院管辖。但后来因合同履行问题发生纠纷，乙方却向乙方所在地法院提起了诉讼。此时，甲方可以提出管辖异议，要求将案件移送至甲方所在地法院审理。如果法院经审查认为管辖约定有效，则会将案件移送至甲方所在地法院；如果认为管辖约定无效或存在其他特殊情况，则可能根据法律规定确定管辖法院。
综上所述，合同中约定法院管辖后，原则上应当遵循约定向指定的法院提起诉讼。但在特定情况下，如管辖协议无效或合同未实际履行等，需要根据法律规定灵活处理。如果你在处理合同纠纷时遇到管辖问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。