医疗期满后仍然不能胜任工作被公司开除，赔偿金是按照劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资来计算，而非单纯按照病假前或病假期间的工资。以下是对此问题的详细分析：
一、合法解除劳动合同的经济补偿
解除条件：
- 劳动者医疗期满后，若不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位有权解除劳动合同。
经济补偿标准：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资定义：此处月工资指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包含所有货币性收入，如基本工资、奖金、津贴等。这意味着，赔偿金的计算基数是劳动者在解除合同前一段时间内的平均收入，而非单纯病假前或病假期间的工资。
特殊情况：
- 若劳动者月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高不超过十二年。
二、违法解除劳动合同的赔偿
违法条件：
- 若用人单位在医疗期内或未按法定程序在医疗期满后解除劳动合同，即构成违法解除。
赔偿标准：
- 用人单位需依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。即，如果按合法解除应支付的经济补偿为X元，则违法解除时需支付的赔偿金为2X元。
三、实际操作中的注意事项
证据收集：
- 劳动者在面临此类情况时，应收集好相关证据，如医疗证明、工资单、劳动合同等，以证明自己的权益。
协商与调解：
- 在解除劳动合同前，双方可以尝试通过协商或调解来解决争议，以避免不必要的法律纠纷。
法律途径：
- 若协商或调解无果，劳动者可以通过法律途径维护自身权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
四、举例说明
假设某劳动者在某公司工作了5年，医疗期满后仍不能胜任工作。在解除劳动合同前，其十二个月的平均工资为8000元。那么，按照合法解除的标准，该公司应支付给该劳动者的经济补偿为：5年 × 8000元/年 = 40000元。若该公司违法解除劳动合同，则需支付的赔偿金为：40000元 × 2 = 80000元。
综上所述，医疗期满后仍然不能胜任工作被公司开除时，赔偿金的计算是基于劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。