若外籍员工在中国境内居住天数正好90天，其税务及合规处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 个人所得税层面
   根据中国《个人所得税法》及实施条例，外籍员工是否构成中国税收居民的关键标准是“在一个纳税年度内在中国境内居住累计满183天”。若全年居住天数恰好90天，则：

   • 不构成中国税收居民：无需就全球收入在中国纳税，仅需对来源于中国境内的所得（如工资薪金、劳务报酬等）缴纳个人所得税；
     
   • 纳税义务范围：若该外籍员工受雇于中国境内企业，其境内所得（如境内工作期间的工资）需按中国税法申报纳税；若同时存在境外所得（如境外投资收益），则无需在中国申报。
     

2. 社保及劳动合规层面

   • 社保缴纳：根据《社会保险法》及地方规定，外籍员工在中国境内就业的，原则上需参加社会保险（养老、医疗、失业、工伤、生育）。但部分地区（如上海、北京）对短期就业（如居住不满183天）的外籍员工有豁免政策，需结合当地人社部门要求确认；
     
   • 劳动合同：若外籍员工与中国境内企业签订劳动合同，即使居住不满183天，企业仍需履行劳动法义务（如支付工资、提供劳动保护等），但无需为其办理工作类居留许可的延期（若原许可期限已覆盖90天）。
     

3. 签证及居留许可层面

   • 签证类型：若外籍员工持短期签证（如M签证、F签证）入境，且实际居住未超90天，通常无需额外申请延期；但若需继续停留，需在签证到期前向公安机关出入境管理机构申请延期；
     
   • 居留许可：若原居留许可期限短于90天，需在到期前申请延期；若原许可期限已覆盖90天，则无需额外操作，但需确保离境时不超过许可有效期。
     

建议：

• 若外籍员工计划未来继续在中国境内工作，建议提前规划居住天数（如避免跨年度累计接近183天），以优化税务居民身份认定；
  
• 企业应留存外籍员工的出入境记录、劳动合同等文件，以备税务或社保部门核查；
  
• 具体操作前，可结合员工国籍、签证类型及地方政策进一步确认合规要求。
  

如有其他细节需进一步分析（如特定行业、双边税收协定影响等），可直接向我咨询。