结论：单位商铺租金收入开具增值税专用发票（专票）需要依法缴纳相关税款，且在符合税法规定的情况下是合法的。以下从不同角度详细说明：

1. 增值税角度
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，单位出租商铺属于“不动产租赁服务”，属于增值税应税行为。若单位为一般纳税人，租金收入需按9%税率（2023年最新税率）计算增值税销项税额，并可抵扣进项税额；若为小规模纳税人，则按5%征收率计算应纳税额（疫情期间可能有阶段性减免政策）。开具专票是纳税人的法定义务，只要交易真实、发票内容与实际业务一致，开具专票合法且必要。

2. 企业所得税角度
   租金收入属于企业的应税收入，需在会计年度内确认并计入应纳税所得额，按25%企业所得税税率（符合条件的小型微利企业可享受优惠税率）缴纳企业所得税。开具专票不影响企业所得税的计算，但发票作为税前扣除凭证，需确保其真实性、合法性。

3. 房产税角度
   根据《房产税暂行条例》，单位出租商铺还需按租金收入的12%缴纳房产税。房产税与增值税、企业所得税独立计算，开具专票不改变房产税的纳税义务。

4. 合法性核心条件
   开具专票的合法性需满足以下条件：

   • 交易真实：租金收入需实际发生，且金额与合同、资金流水一致；
     
   • 纳税人资格合规：单位需为一般纳税人或小规模纳税人（未超标准未登记为一般纳税人的除外）；
     
   • 发票内容合规：专票需注明商铺地址、租赁期限、租金金额等关键信息，且与实际业务一致。
     若满足上述条件，开具专票不仅合法，还是购方（承租方）抵扣进项税额的合法凭证。

5. 风险提示

   • 若单位通过“虚开发票”（如无真实交易、金额不实）逃避税款，可能涉嫌虚开增值税专用发票罪，面临刑事处罚；
     
   • 若未按规定申报缴纳增值税、企业所得税或房产税，可能被税务机关追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款。

建议：单位应确保租金收入依法申报纳税，并妥善保管租赁合同、资金流水、发票等凭证。如有复杂交易结构（如转租、免税政策适用等），可进一步向我咨询具体税务筹划方案。