结论：公司底薪涨了但专业加给降低了是否合理，需根据具体情况判断，劳动局（现人力资源和社会保障局）在符合条件的情况下会介入管理。以下从不同角度详细分析：
一、合理性判断
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了底薪和专业加给的具体数额或计算方式，公司未经员工同意单方面调整，可能构成违约。根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中有关于薪资调整的规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工在入职时已知悉并同意，那么公司按照规章制度调整薪资可能是合理的。但规章制度必须经过民主程序制定，并向劳动者公示。
市场情况和公司经营状况：
- 公司可能根据市场情况和自身经营状况调整薪资结构，以提高竞争力或应对经济压力。然而，这种调整应当合理且公平，不能损害员工的合法权益。如果调整导致员工整体薪资水平下降，且没有合理的解释和补偿措施，可能被视为不合理。
二、劳动局（人力资源和社会保障局）的介入
投诉渠道：
- 如果员工认为公司的薪资调整不合理，可以向当地的人力资源和社会保障局（原劳动局）投诉。投诉时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、薪资单、公司规章制度等，以证明公司的行为违反了法律法规或劳动合同约定。
调解与仲裁：
- 人力资源和社会保障局在接到投诉后，会进行调查核实，并尝试组织双方进行调解。如果调解不成，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司恢复原薪资水平或给予相应的经济补偿。
三、建议与措施
与公司协商：
- 在采取法律行动之前，员工可以尝试与公司进行协商，表达自己的诉求和关切。通过友好沟通，双方可能达成共识，避免不必要的法律纠纷。
保留证据：
- 员工应妥善保留与薪资调整相关的所有证据，包括劳动合同、薪资单、公司规章制度、沟通记录等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
寻求法律援助：
- 如果员工对法律程序不熟悉或感到无助，可以寻求专业的法律援助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
总结：公司底薪涨了但专业加给降低了是否合理，需根据劳动合同约定、公司规章制度以及市场情况和公司经营状况等因素综合判断。如果员工认为公司的行为不合理，可以向当地的人力资源和社会保障局投诉，并尝试通过协商、调解或仲裁等方式解决问题。如有需要，你可以直接向我咨询相关法律问题。