事业单位员工因病自愿停薪留职的合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 若单位规章制度或劳动合同中有明确约定
   根据《劳动合同法》第三条，劳动合同依法订立即具有法律约束力，双方应按约定履行。若事业单位的规章制度或与员工签订的劳动合同中明确规定了“因病可自愿停薪留职”的条款，且该条款不违反法律强制性规定（如未剥夺员工基本权益、未违反最低工资标准等），则该约定合法有效。员工可依据约定申请停薪留职，单位应予以批准。

2. 若单位规章制度或劳动合同中无明确约定
   若单位未在规章制度或劳动合同中约定停薪留职相关条款，则需分情况处理：

   • 员工因病需长期治疗：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工享有法定医疗期，医疗期内单位不得解除劳动合同，且需支付病假工资（通常为当地最低工资的80%）。若员工医疗期满后仍无法返岗，单位可依据《劳动合同法》第四十条与员工协商解除劳动合同或调整岗位。此时“停薪留职”并非法定权利，需双方协商一致。
     
   • 员工主动申请停薪留职：若员工在医疗期外主动申请停薪留职，单位有权拒绝，除非双方协商一致。若单位同意，建议签订书面协议，明确停薪留职期限、社保缴纳、返岗条件等，避免后续纠纷。

3. 事业单位的特殊性
   事业单位通常适用《事业单位人事管理条例》而非《劳动合同法》，但若单位与员工签订的是劳动合同（如非在编人员），则仍适用《劳动合同法》。对于在编人员，停薪留职需符合事业单位内部管理规定（如《事业单位工作人员处分暂行规定》等），且通常需经单位批准，而非员工单方决定。

法律建议：

• 若您是事业单位员工，建议先查阅单位规章制度或劳动合同，确认是否有停薪留职相关条款；
  
• 若无明确约定，可与单位协商，并签订书面协议明确权利义务；
  
• 若单位拒绝且您认为权益受损，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

风险提示：停薪留职期间，您的社保缴纳、工龄计算、返岗权益等可能受影响，建议谨慎决策。如有进一步疑问，可直接向我咨询。