结论：当法院判决行政行为仅是程序性违法但结论正确，且不予撤销时，行政机关仍需承担赔偿责任，但具体赔偿范围和方式需根据受害人的实际损失及法律规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：

一、赔偿的法律依据

根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，行政机关及其工作人员在行使行政职权时，有侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。这包括行政行为在程序上违法，即使实体结论正确，但只要给相对人造成了实际损害，行政机关就应当承担赔偿责任。

二、赔偿的范围与标准

1. 人身权损害赔偿：

   • 若行政行为侵犯了公民的人身自由，如非法拘禁等，每日赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算。
   • 若造成身体伤害，行政机关需支付医疗费、护理费及因误工减少的收入。收入减少部分每日赔偿金同样按国家上年度职工日平均工资计算，最高额为国家上年度职工年平均工资的五倍。
   • 若导致丧失劳动能力，行政机关需支付医疗费、护理费、残疾生活辅助具费、康复费等必要支出，以及残疾赔偿金。赔偿金根据伤残等级确定，最高不超过国家上年度职工年平均工资的二十倍。若全部丧失劳动能力，还需支付其扶养的无劳动能力人的生活费。
   • 若造成死亡，行政机关需支付死亡赔偿金、丧葬费，总额为国家上年度职工年平均工资的二十倍，并支付死者生前扶养的无劳动能力人的生活费。

2. 财产权损害赔偿：

   • 若行政行为涉及处罚款、罚金、追缴、没收或违法征收、征用财产，行政机关需返还财产。
   • 若查封、扣押、冻结财产造成损坏或灭失，行政机关需恢复原状或给付相应赔偿金；财产灭失的，给付赔偿金。
   • 若财产被拍卖或变卖，行政机关需给付拍卖或变卖价款；若价款低于财产价值，需支付赔偿金。
   • 若吊销许可证和执照、责令停产停业，行政机关需赔偿停产停业期间必要的经常性费用开支。
   • 若返还执行的罚款、罚金、追缴或没收的金钱，或解除冻结的存款或汇款，行政机关需支付银行同期存款利息。

三、赔偿的程序

1. 提出赔偿申请：受害人应先向赔偿义务机关（即实施违法行政行为的行政机关）提出赔偿申请，也可在申请行政复议或提起行政诉讼时一并提出。申请书应载明受害人的基本信息、具体要求、事实根据和理由等。

2. 赔偿义务机关处理：赔偿义务机关应在收到申请之日起两个月内作出是否赔偿的决定，并充分听取赔偿请求人的意见，可与之协商赔偿方式、项目和数额。

3. 申请复议或提起诉讼：若赔偿义务机关决定赔偿，应制作赔偿决定书并送达赔偿请求人；若决定不予赔偿，应书面通知赔偿请求人并说明理由；若赔偿义务机关在规定期限内未作出决定，赔偿请求人可在期限届满之日起三个月内向人民法院提起诉讼。

四、实际案例与启示

在实际操作中，曾有行政机关因程序违法但实体结论正确而被法院判决承担赔偿责任的案例。例如，某行政机关在作出行政处罚决定时，未依法告知当事人享有听证的权利，导致当事人未能充分行使陈述、申辩权。尽管该行政处罚决定在实体上并无不当，但法院仍以程序违法为由判决撤销该处罚决定，并责令行政机关重新作出行政行为。若该程序违法给当事人造成了实际损害，如因处罚导致的经济损失等，行政机关还需承担相应的赔偿责任。

建议：若您遇到类似情况，建议及时收集证据，如证明行政行为违法的相关文件、损失清单及计算依据等，并向赔偿义务机关提出赔偿申请。若对赔偿决定有异议，可依法提起行政诉讼或行政复议以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。