结论：劳动合同未约定提成发放标准时，薪酬体系文件在一定条件下可以代替劳动合同成为确定提成发放标准的依据，但具体能否代替以及代替的效力需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从合同约定与规章制度的关系角度
劳动合同的优先性：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，具有最高的法律效力。在劳动合同中明确约定的内容，应当优先适用。
- 如果劳动合同中已经明确约定了提成的发放标准，那么即使薪酬体系文件中有不同的规定，也应当以劳动合同为准。
薪酬体系文件的补充性：
- 薪酬体系文件通常是用人单位为了规范薪酬管理而制定的内部规章制度，它可能包含提成的计算方式、发放条件等详细规定。
- 在劳动合同未约定提成发放标准的情况下，如果薪酬体系文件已经经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并且已经向劳动者公示或告知，那么该薪酬体系文件可以作为确定提成发放标准的依据。
二、从法律规定的角度
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果薪酬体系文件符合上述法律规定，且内容合法、合理，那么在劳动合同未约定提成发放标准的情况下，它可以作为确定提成发放标准的合法依据。
三、从实际操作的角度
证据的收集与保存：
- 如果劳动者主张按照薪酬体系文件中的规定发放提成，那么需要提供证据证明该薪酬体系文件已经经过民主程序制定，并且已经向其公示或告知。
- 用人单位如果否认薪酬体系文件的效力或内容，也需要提供相反的证据进行反驳。
争议解决的方式：
- 在发生提成发放争议时，双方可以首先尝试通过协商解决。如果协商不成，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在仲裁或诉讼过程中，仲裁机构或法院会根据双方提供的证据和法律规定，对提成发放标准进行认定和裁决。
四、特殊情况下的处理
- 如果薪酬体系文件中的规定存在违法或不合理之处（如提成比例过低、发放条件过于苛刻等），那么该规定可能不会被仲裁机构或法院采纳。
- 另外，如果用人单位在劳动合同签订后单方面修改薪酬体系文件，且未与劳动者协商一致，那么修改后的规定对劳动者不具有约束力。
建议：为了避免提成发放争议的发生，用人单位在制定薪酬体系文件时应当确保其内容合法、合理，并且经过民主程序制定和公示。同时，在签订劳动合同时，也应当尽可能明确提成的发放标准、计算方式等关键条款。如果劳动者对提成发放标准有疑问或异议，应当及时与用人单位沟通并寻求解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。