甲方可以依据合同约定及法律规定，通过收集证据、明确诉讼请求、选择管辖法院等步骤，向法院提起诉讼要求乙方承担违约责任。具体分析如下：

1. 合同审查与违约认定

   • 需首先审查双方签订的《农村自建房施工合同》或相关协议，确认合同中是否明确约定工期、付款方式、违约责任条款（如停工违约金、解除合同条件等）。
   • 若乙方无正当理由第二次停工并明确表示不再履行合同，构成根本违约，甲方有权依据《民法典》第五百六十三条要求解除合同，并主张违约赔偿。

2. 证据收集与固定

   • 书面证据：合同文本、乙方停工通知、沟通记录（微信、短信、邮件等）、付款凭证、设计图纸等。
   • 现场证据：停工现场照片、视频，第三方证人证言（如邻居、监理人员）。
   • 损失证据：因停工导致的材料浪费、工期延误赔偿（如向第三方承租替代房屋的费用）、预期利益损失等。

3. 诉讼请求设计

   • 解除合同：要求法院确认合同解除，并责令乙方撤场、返还未使用材料。
   • 赔偿损失：包括直接损失（如已支付工程款的返还、材料费）和间接损失（如工期延误的租金损失）。
   • 违约金主张：若合同约定了停工违约金条款，可同时主张违约金与实际损失（需注意法院可能根据《民法典》第五百八十四条调整过高违约金）。

4. 管辖法院选择

   • 农村自建房纠纷通常属于不动产纠纷，适用专属管辖，由不动产所在地（即房屋所在地）法院管辖。需向房屋所在地基层人民法院提起诉讼。

5. 诉讼流程提示

   • 起诉前可尝试发送《律师函》催告乙方复工或协商解决，固定乙方拒不履行的证据。
   • 诉讼中需注意举证期限，及时提交证据清单及质证意见。
   • 若乙方下落不明，可申请公告送达并缺席判决，但需承担举证不能的风险。

风险提示：若合同未约定违约责任或证据不足，甲方可能面临赔偿主张被部分驳回的风险。建议优先通过协商或第三方调解（如村委会、人民调解委员会）解决，以降低诉讼成本。如需进一步分析合同条款或协助起草法律文书，可直接向我提问。