项目人员借支款能否抵扣未发工资，需分情况讨论：

1. 若借支款与工资发放存在明确约定或协议：

   • 法律解释：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，而借支款通常是劳动者因特定原因（如项目需要、生活困难等）从用人单位预先支取的款项。如果双方在劳动合同、借支协议或其他书面文件中明确约定，借支款可以在工资发放时予以抵扣，那么这种抵扣是合法的。
   • 实际操作：在此情况下，用人单位在发放工资时，可以按照约定将借支款从应发工资中扣除，但需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，且需向劳动者提供清晰的工资条，明确显示借支款的抵扣情况。

2. 若借支款与工资发放无明确约定或协议：

   • 法律解释：在没有明确约定的情况下，借支款与工资发放是两个独立的法律关系。借支款属于用人单位与劳动者之间的借贷关系，而工资发放则是用人单位对劳动者提供劳动的报酬支付。因此，用人单位不能单方面将借支款从工资中扣除。
   • 实际操作：如果用人单位未经劳动者同意，擅自将借支款从工资中扣除，劳动者有权向用人单位提出异议，并要求用人单位补发被扣除的工资。如果用人单位拒绝补发，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的处理：

   • 借支款性质变化：如果借支款在后续过程中转化为劳动者对用人单位的债务（如因劳动者原因造成用人单位损失，双方约定借支款用于赔偿等），且双方对此有明确约定，那么在这种情况下，借支款可能可以在工资发放时予以抵扣。但同样需要确保抵扣后的工资不低于当地最低工资标准。
   • 用人单位破产或解散：在用人单位破产或解散的情况下，劳动者的工资和借支款都可能面临无法及时支付的风险。此时，劳动者应尽快向用人单位或破产管理人申报债权，并按照法定程序参与分配破产财产或清算财产。

法律建议：

• 对于劳动者而言，在借支款项时，应与用人单位明确约定借支款的性质、用途、还款方式及是否可以在工资中抵扣等事项，并保留好相关证据（如借支协议、工资条等），以备不时之需。
• 对于用人单位而言，在发放借支款时，应与劳动者签订书面协议，明确双方的权利和义务。同时，在发放工资时，应确保工资的足额支付，并避免未经劳动者同意擅自扣除借支款等行为。

可能法律后果：

• 如果用人单位未经劳动者同意擅自扣除借支款，可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决，要求补发被扣除的工资及可能的经济补偿。
• 如果劳动者因借支款问题与用人单位发生争议，且无法通过协商解决，可能需要通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）来维护自己的合法权益。