工伤留薪期工资原则上不应扣除考勤工资（全勤奖等），但具体需结合公司规章制度及实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与原则
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”应当理解为职工正常出勤时的全部工资性收入和福利待遇，包括但不限于基本工资、奖金、津贴、补贴以及全勤奖等。因此，从法律精神出发，工伤期间职工因非主观原因缺勤，其全勤奖作为工资福利的一部分，原则上不应被扣除。
二、公司规章制度的考量
尽管法律规定了工伤期间的待遇原则，但实际操作中还需考虑公司的具体规章制度。如果公司规章制度明确规定全勤奖严格依据实际出勤天数发放，且该制度经过民主程序制定、内容合法并已向员工公示，那么公司在工伤期间可能会依据此规定扣除全勤奖。然而，这种扣除可能引发争议，因为工伤停工是法律赋予的权利，严格扣除可能与《工伤保险条例》的立法精神相悖。
三、实际操作与建议
查阅公司规定：首先，您应仔细查阅所在公司的相关规章制度或劳动合同，了解全勤奖的具体发放条件及工伤期间的待遇规定。这有助于您明确自己的权益和公司的义务。
与公司协商：如果对公司规定有疑问或认为不合理，建议您与公司的人力资源部门或相关负责人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。在协商过程中，您可以引用《工伤保险条例》的相关规定，维护自己的合法权益。
法律途径：如果协商无果，您可以依法通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，我将根据您的具体情况提供专业的法律支持和建议。
四、特殊情况处理
值得注意的是，有些公司出于人道主义关怀和员工福利的考虑，可能会在工伤期间继续发放全勤奖或其他形式的补贴。这种情况下，您应珍惜并感激公司的关怀，同时遵守公司的相关规定。
总结来说，工伤留薪期工资原则上不应扣除考勤工资（全勤奖等），但具体还需依据公司规章制度及实际情况判断。如果您在工伤期间遇到全勤奖被扣除的情况，建议您先查阅公司规定并与公司协商，如果协商无果，可以依法通过法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。