企业转入合并后，劳动关系的确认主要依据《劳动合同法》及相关司法解释，核心原则是“劳动合同连续性”，即原劳动合同继续有效，劳动关系由合并后的企业承继。具体确认方式及注意事项如下：

1. 法律直接规定：劳动合同自动承继

根据《劳动合同法》第三十四条：
“用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。”

• 操作要点：合并后，原企业与员工的劳动合同无需重新签订，合并后的企业自动成为劳动合同的新主体，员工的工作年限、岗位、待遇等原则上保持不变。
  
• 例外情形：若合并涉及资产剥离或部分业务转让，需根据实际用工情况判断劳动关系是否转移（如员工是否实际为新企业提供劳动）。

2. 实务操作：通过书面文件明确劳动关系

尽管法律有明确规定，但为避免纠纷，建议合并双方及员工通过以下方式确认劳动关系：

• 签订三方协议：原企业、合并后企业与员工共同签署协议，明确劳动关系由合并后企业承继，并约定工作年限连续计算、待遇不变等条款。
  
• 发布公告或通知：合并后企业应向员工发布书面通知，说明合并情况及劳动关系承继事宜，并保留员工签收记录。
  
• 变更劳动合同主体：若原劳动合同需变更主体（如盖章单位变更），可签订补充协议，注明“原劳动合同主体由XX公司变更为XX公司，其他条款不变”。

3. 特殊情形：劳动关系转移的认定

若合并后员工实际用工关系发生变化（如被安排至新企业工作），需根据以下因素判断劳动关系是否转移：

• 实际用工单位：员工是否为新企业提供劳动、接受新企业管理？
  
• 工资发放主体：工资是否由新企业支付？
  
• 社保缴纳主体：社保是否由新企业缴纳？
  
• 员工意愿：员工是否同意劳动关系转移？
  若实际用工关系已转移，且员工未提出异议，可能视为劳动关系已转移至新企业。但若员工明确反对，原企业仍需承担用人单位责任。

4. 风险提示：合并后企业不得随意解除劳动合同

合并后企业不得以“企业合并”为由单方解除劳动合同，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。
合法解除情形仅限于《劳动合同法》第三十九条（严重违纪）、第四十条（无过失性辞退）等法定情形。

5. 员工权益保障建议

• 保留证据：保存原劳动合同、工资条、社保记录、工作证等证明劳动关系的材料。
  
• 及时沟通：若对劳动关系承继有疑问，可要求企业出具书面说明或咨询律师。
  
• 主张权益：若合并后企业降低待遇、调整岗位或拒不承认劳动关系，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结：企业合并后，劳动关系原则上由合并后企业承继，员工无需重新签订劳动合同。但为避免纠纷，建议通过书面协议明确权利义务。若实际用工关系发生变化，需根据具体情况判断劳动关系是否转移。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。