结论：实行轻罪封存制度且被判处拘役三个月的情况下，单位是否会开除不能一概而论，需分情况讨论。

1. 从劳动合同约定和单位规章制度角度：

   • 如果劳动合同中明确约定了员工被判处拘役等刑罚时单位有权解除劳动合同，或者单位的规章制度中有类似规定，且该规章制度是经过民主程序制定、已向员工公示或告知的，那么单位很可能会依据这些规定开除员工。因为根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。拘役属于刑罚的一种，满足“被依法追究刑事责任”这一条件。
   • 若劳动合同和单位规章制度中没有相关约定和规定，单位就不能仅以此为由随意开除员工，否则可能构成违法解除劳动合同。

2. 从轻罪封存制度的影响角度：

   • 轻罪封存制度意味着在一定条件下，犯罪记录会被封存，不对外公开（司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外）。如果单位不知道员工被判处拘役这一情况，自然不会以此为由开除员工。
   • 但如果员工主动告知单位或者单位通过其他途径知晓了员工被判处拘役的事实，即便有轻罪封存制度，单位仍可能依据上述劳动合同约定或规章制度来决定是否开除员工。不过，员工可以尝试与单位沟通，说明轻罪封存制度的相关情况以及自己已经改过自新等，争取单位的理解和宽容，避免被开除。

3. 从特殊行业和岗位角度：

   • 对于一些特殊行业和岗位，如金融行业、涉及国家秘密的岗位等，对员工的政治素质和道德品质要求较高。即使有轻罪封存制度，单位也可能出于行业特殊要求和岗位风险的考虑，开除被判处拘役的员工。因为这些行业和岗位需要员工具备较高的信誉和可靠性，一旦员工有犯罪记录，可能会给单位带来潜在的风险和损失。

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