事业单位正式员工因男女关系问题被对方报警，单位不一定会知晓，这主要取决于报警后的处理情况以及单位的管理制度。以下从不同角度为你详细分析：

1. 报警后的处理情况：

   • 如果报警后，警方认为该事件不构成违法犯罪，或者仅属于私人纠纷，并未对涉事员工采取任何强制措施（如传唤、拘留等），也未通知单位，那么单位很可能不会知晓此事。
   • 如果报警后，警方介入调查，并发现涉事员工存在违法犯罪行为（如性骚扰、强奸等），那么警方在处理过程中很可能会通知单位，以便单位配合调查或采取相应措施。

2. 单位的管理制度：

   • 不同的事业单位有不同的管理制度和规定。有些单位可能对员工的私人生活有较为严格的管理要求，一旦得知员工涉及此类事件，可能会主动进行调查或采取相应措施。
   • 而有些单位则可能更注重员工的工作表现，对员工的私人生活持较为宽容的态度，除非事件严重影响到单位形象或工作秩序，否则不会主动介入。

3. 事件的社会影响：

   • 如果该事件在社会上引起了广泛关注或舆论压力，那么单位为了维护自身形象和声誉，很可能会主动了解并处理此事，即使警方未直接通知单位。

法律建议：

• 作为事业单位的正式员工，应当遵守法律法规和单位规章制度，尊重他人的合法权益，避免涉及任何违法犯罪行为或不当行为。
• 如果因私人问题被报警，应积极配合警方的调查工作，如实陈述事实，避免逃避或抗拒调查。
• 同时，也可以主动向单位说明情况（如果认为有必要且不会对自己造成不利影响），以便单位了解真相并采取相应措施。

可能后果：

• 如果涉事员工确实存在违法犯罪行为，将可能面临法律的制裁和单位的纪律处分。
• 如果事件对单位形象或工作秩序造成了严重影响，单位也可能对涉事员工采取相应的处理措施，如警告、记过、降职、解雇等。

总之，事业单位正式员工因男女关系问题被对方报警后，单位是否会知晓取决于多种因素。作为员工，应当遵守法律法规和单位规章制度，积极应对可能出现的法律问题。如果你有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。