结论：甲方在项目未完工时扣除质保金是否合法，需根据双方合同约定、项目性质及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同约定优先

• 若合同明确约定质保金扣除条件：例如合同中写明“项目未完工时，甲方有权扣除质保金作为履约保障”，且该条款不违反法律强制性规定（如《民法典》第497条关于格式条款无效的情形），则甲方行为可能合法。
• 若合同未约定或约定模糊：甲方单方扣除质保金缺乏合同依据，可能构成违约。此时您可要求甲方返还，并主张其承担违约责任（如赔偿损失）。

2. 项目性质与行业惯例

• 建设工程施工合同：根据《建设工程质量保证金管理办法》，质保金通常在工程竣工验收后返还。若项目未完工，甲方扣除质保金可能缺乏合理性，除非合同另有约定。
• 其他类型合同：如买卖合同、服务合同等，若合同未明确约定质保金扣除条件，甲方行为可能缺乏依据。您可结合行业惯例（如类似项目是否普遍扣除质保金）主张权利。

3. 法律限制与禁止性规定

• 禁止非法扣款：根据《民法典》第577条，甲方无权单方变更合同条款或扣除款项，除非符合法定或约定条件。若甲方扣除质保金的行为导致您权益受损（如资金周转困难），您可要求其停止侵害、返还款项。
• 质保金比例限制：部分行业对质保金比例有上限规定（如建设工程领域质保金比例不得超过工程价款结算总额的3%）。若甲方扣除比例超过法定或约定标准，超出部分可能无效。

4. 实务建议

• 核查合同条款：重点查看关于质保金扣除条件、比例、返还时间的约定。
• 收集证据：保留项目进度证明、甲方扣款通知、沟通记录等证据，以备维权使用。
• 协商或诉讼：
  • 协商：与甲方沟通，明确扣款依据，要求其提供合同条款或法律依据。
  • 诉讼/仲裁：若协商无果，可依据合同约定向法院起诉或申请仲裁，主张返还质保金及赔偿损失。

5. 风险提示

• 若甲方扣除质保金后，项目因您原因无法继续推进（如施工质量问题），甲方可能依据合同或法律规定主张抵扣质保金。此时需结合具体案情分析责任归属。

总结：甲方在项目未完工时扣除质保金是否合法，需以合同约定为核心，结合项目性质、行业惯例及法律规定综合判断。建议您先核查合同条款，再根据实际情况选择协商或法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。