工程合同中留1%的质保金是合法的，但具体是否合法还需结合合同条款、相关法律法规以及工程实际情况进行综合判断。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、质保金的合法性与比例限制

1. 质保金的合法性：

   • 质保金作为工程合同中的一种常见条款，其目的在于保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。这种安排在法律上是得到认可的，只要合同双方自愿、平等地达成协议，并且不违反法律法规的强制性规定。

2. 比例限制：

   • 根据《建设工程质量保证金管理办法》的相关规定，发包人可与承包人在合同中约定质保金的预留比例，但总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。因此，留1%的质保金在比例上是符合规定的。

二、合同条款的约定

1. 双方协商一致：

   • 工程合同中是否留置质保金，以及留置的比例，应由合同双方根据具体情况自行约定。只要双方协商一致，并在合同中明确约定，那么留1%的质保金就是合法的。

2. 合同条款的明确性：

   • 合同条款应明确质保金的预留比例、支付方式、返还条件等关键内容。如果合同条款模糊不清或存在歧义，可能会引发争议。因此，在签订合同时，双方应确保合同条款的明确性和具体性。

三、法律法规的遵循

1. 遵守相关法律法规：

   • 在约定质保金时，合同双方应遵守相关法律法规的规定，如《建设工程质量保证金管理办法》等。这些法规对质保金的预留比例、使用方式等进行了明确规定，双方应确保合同条款不违反这些规定。

2. 违规后果：

   • 如果合同条款违反了法律法规的强制性规定，如质保金比例过高、留置时间过长等，那么该条款可能被认定为无效。这可能会导致合同双方面临法律风险和纠纷。

四、实际操作建议

1. 仔细审查合同条款：

   • 在签订工程合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于质保金的约定。确保合同条款明确、具体，并符合相关法律法规的规定。

2. 咨询专业意见：

   • 如果对合同条款或相关法律法规存在疑问，双方可以咨询专业律师或相关机构的意见。这有助于确保合同条款的合法性和有效性。

3. 保留相关证据：

   • 在合同履行过程中，双方应保留与质保金相关的证据，如支付凭证、维修记录等。这些证据在发生争议时可能起到关键作用。

总结与建议：工程合同中留1%的质保金在比例上是符合规定的，但具体是否合法还需结合合同条款、相关法律法规以及工程实际情况进行综合判断。在签订合同时，双方应确保合同条款的明确性和具体性，并遵守相关法律法规的规定。如有任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。