结论：每班12小时休36小时的消防控制值班，公司扣除1小时在岗值班时间的做法是否合法，需结合具体的工作时间安排、劳动合同约定以及相关法律法规来综合判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 工作时间与休息时间的合法性：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间一般不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若每班12小时，显然超出了这一标准。但消防控制值班等特殊岗位，可能因工作性质需要实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
   • 若实行不定时工作制或综合计算工时工作制，需经劳动行政部门批准，并确保劳动者平均每日和每周的工作时间不超过法定标准，且保障劳动者的休息权。在此情况下，扣除1小时在岗值班时间是否合法，需看具体的工作时间安排是否符合批准的工作制要求。

2. 劳动合同与规章制度：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确规定了工作时间、休息时间以及工资支付方式等，用人单位应严格遵守。
   • 若公司规章制度中规定了扣除在岗值班时间的条款，需审查该规章制度是否经过民主程序制定、是否公示或告知劳动者、是否违反法律法规的强制性规定等。若规章制度合法有效，且劳动者已知悉并同意，则可能作为处理劳动争议的依据。

3. 扣除在岗值班时间的合理性：

   • 即使公司有权扣除在岗值班时间，也需确保扣除的合理性。例如，扣除的时间是否确实用于劳动者休息或用餐等非工作时间，扣除的金额或比例是否合理等。
   • 若扣除的1小时在岗值班时间实际上并未用于劳动者休息或用餐，而是被公司以其他理由扣除，则可能构成违法扣除工资或侵犯劳动者权益的行为。

4. 可能的法律后果：

   • 若公司扣除在岗值班时间的做法违反法律法规或劳动合同约定，劳动者有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的工资、加班费或赔偿金等。
   • 劳动行政部门或劳动仲裁机构将根据具体情况进行调查和裁决，维护劳动者的合法权益。

建议：

• 首先，审查劳动合同和公司规章制度中关于工作时间、休息时间以及工资支付方式等条款，明确双方的权利和义务。
• 其次，与公司沟通协商，了解扣除在岗值班时间的具体原因和依据，尝试通过友好协商解决问题。
• 若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，寻求法律援助和维权。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。