结论：公司按照综合计时制度安排消控室值班人员每天上12个小时，通常是不合法的，除非符合特定条件并获得了相关部门的批准。

分析：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时。这是对劳动者工作时间的基本限制，旨在保护劳动者的身心健康。
   • 如果用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。

2. 综合计时制度：

   • 综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间的一种工时制度。
   • 即使采用综合计算工时工作制，用人单位也需要确保劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同，超出部分应视为延长工作时间，并按照规定支付加班工资。

3. 消控室值班人员的特殊性：

   • 消控室值班人员的工作确实具有一定的特殊性，可能需要24小时值班以确保安全。然而，这并不意味着用人单位可以无视劳动法的规定，随意安排劳动者的工作时间。
   • 如果用人单位确实需要安排消控室值班人员长时间工作，应首先考虑通过增加人员、轮班等方式来分散工作时间，确保劳动者的身心健康。

4. 合法性判断：

   • 在没有获得相关部门批准，且未与劳动者协商一致的情况下，公司按照综合计时制度安排消控室值班人员每天上12个小时，显然违反了劳动法的规定。
   • 即使获得了相关部门的批准，并采用了综合计算工时工作制，用人单位也需要确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并支付相应的加班工资。

建议：

• 如果您作为消控室值班人员，发现公司安排的工作时间违反了劳动法的规定，您可以与公司进行协商，要求调整工作时间或支付加班工资。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求法律帮助。
• 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如工作记录、考勤表等，以便在需要时提供证明。

法律后果：

• 如果公司违反了劳动法的规定，安排劳动者超时工作且未支付加班工资，劳动监察部门有权对公司进行处罚，并要求公司支付拖欠的加班工资及赔偿金。
• 劳动者也有权向法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。