结论：股东对公司不能清偿部分承担补充清偿责任，一般可以在原诉讼案件中一并处理，但特殊情况下也可能需要另案起诉。以下从不同角度进行详细分析：
一、可以在原诉讼案件中一并处理的情况
法律依据与程序便利：
- 根据《公司法》及相关司法解释，股东对公司债务承担补充清偿责任，这一责任是基于股东与公司之间的法律关系而产生的。在债权人起诉公司要求清偿债务的诉讼中，如果公司财产不足以清偿债务，且债权人能够证明股东存在未履行出资义务、抽逃出资等情形，导致公司财产减少，进而影响债权人债权实现的，债权人可以在同一诉讼中申请追加股东为被告，要求股东在未出资或抽逃出资的范围内承担补充清偿责任。
- 这种处理方式的优势在于，可以避免债权人就同一笔债务再次提起诉讼，减少诉讼成本，提高诉讼效率。同时，也有利于法院在同一案件中全面审查公司、股东及债权人之间的法律关系，确保裁判结果的公正性和一致性。
实际操作中的注意事项：
- 债权人在起诉时，应明确提出要求股东承担补充清偿责任的诉讼请求，并提供相关证据证明股东存在未履行出资义务、抽逃出资等情形。
- 法院在审理过程中，会对股东是否应承担补充清偿责任进行审查，并根据审查结果作出裁判。如果法院认定股东应承担补充清偿责任，则会在判决中明确股东的责任范围及承担方式。
二、可能需要另案起诉的情况
原诉讼未涉及股东责任：
- 如果债权人在起诉公司时，未将股东列为被告，也未提出要求股东承担补充清偿责任的诉讼请求，那么法院在审理过程中通常不会主动审查股东的责任。在这种情况下，如果公司财产不足以清偿债务，债权人可能需要就股东的责任另行提起诉讼。
股东责任需独立审查：
- 在某些情况下，股东的责任可能需要独立审查，例如股东是否存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务的情形。这种审查可能涉及复杂的法律事实和法律关系，需要专门的证据收集和法律分析。因此，如果原诉讼中未对股东责任进行充分审查，债权人可能需要另案起诉以明确股东的责任。
执行阶段发现股东责任：
- 在执行阶段，如果发现公司财产不足以清偿债务，且债权人能够证明股东存在未履行出资义务、抽逃出资等情形，债权人也可以考虑另案起诉股东要求其承担补充清偿责任。不过，这种情况下，债权人也可以尝试在执行程序中直接申请追加股东为被执行人，具体取决于当地法院的执行实践和规定。
三、建议与风险提示
- 建议：债权人在起诉公司要求清偿债务时，应充分考虑股东的责任问题。如果认为股东可能存在未履行出资义务、抽逃出资等情形，影响债权实现的，应将股东列为被告，并提出要求股东承担补充清偿责任的诉讼请求。这样可以避免后续诉讼的麻烦和成本。
- 风险提示：如果债权人选择另案起诉股东要求其承担补充清偿责任，需要注意诉讼时效的问题。根据《民法典》的规定，诉讼时效期间为三年，自债权人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，债权人应及时行使权利，避免超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。
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