结论：员工因食品安全过错被罚款后申请仲裁能否胜诉，需结合具体情形判断，无法一概而论。以下从不同角度分析可能的结果及关键因素：
1. 罚款的合法性是核心前提
- 若罚款无合法依据：根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位无权随意对员工进行罚款（除非符合地方性法规允许的特定情形，如《广东省劳动保障监察条例》允许对严重违反规章制度的员工罚款，但需满足“民主程序制定、公示、不超当月工资20%”等条件）。若公司罚款缺乏制度依据或程序违法（如未公示制度、未告知员工、罚款金额过高），员工仲裁时主张“违法扣除工资”可能被支持，需返还罚款并可能获赔赔偿金。
- 若罚款有合法依据：若公司通过民主程序制定了包含食品安全责任条款的规章制度（如《员工手册》明确“操作失误导致食品安全问题可罚款”），且已向员工公示，员工签字确认，则罚款可能被认定为合法。此时员工仲裁胜诉概率较低，但需注意罚款金额不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
2. 过错与罚款的因果关系需明确
- 员工存在直接过错：若员工因故意或重大过失（如违规操作、未履行检查义务）导致食品安全问题，且公司能提供证据（如监控录像、检验报告、员工自认书等），则罚款的合理性更高，仲裁时员工可能败诉。
- 员工无过错或过错轻微：若问题由设备故障、供应商问题等非员工原因导致，或员工仅存在轻微疏忽（如未及时记录温度但未造成实际危害），公司以此罚款可能被认定为“滥用管理权”，员工仲裁胜诉概率增加。
3. 程序合规性影响结果
- 公司未履行法定程序：若公司未在罚款前与员工沟通、未听取员工申辩，或未出具书面罚款通知，可能被认定为程序违法，员工可主张“未依法进行纪律处分”而胜诉。
- 公司已履行程序：若公司按制度流程处理（如调查、听证、出具处罚决定书），员工仲裁时需提供反证（如制度未公示、程序瑕疵）才能推翻罚款。
4. 地方性法规的差异
- 部分地区（如广东、江苏）允许企业通过规章制度设定罚款，但需严格限制条件；而北京、上海等地明确禁止企业罚款，只能通过绩效扣分、警告等方式处理。员工需结合所在地区法规判断公司行为是否合法。
建议行动
- 收集证据：保留劳动合同、规章制度、罚款通知、工资条、问题发生时的证据（如照片、视频、沟通记录）等，证明罚款是否合法、过错是否成立。
- 咨询专业律师：结合具体证据和地区法规，律师可评估仲裁胜率并制定策略（如主张返还罚款、赔偿金或确认罚款无效）。
- 优先协商：若罚款金额较小，可尝试与公司沟通，要求说明罚款依据或调整金额，避免仲裁成本。
如有进一步细节（如地区、罚款金额、过错情节等），可直接向我咨询，我会结合具体情形为您详细分析。