结论前置：公司因员工使用公司车跑业务违章未处理而扣发工资的行为，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律角度
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 公司有义务按时足额支付员工工资，除非有法定或约定的扣减情形。
违章处理与工资扣减的关联性：
- 员工使用公司车跑业务违章，属于违反交通法规的行为，但这并不直接构成公司扣减工资的合法理由。违章处理是交通管理部门的职责，与工资支付是两个独立的法律关系。
- 如果公司希望员工承担违章责任，应通过合法途径，如要求员工赔偿因违章造成的公司损失（如罚款、车辆维修费用等），但这需要基于双方之间的约定或法律规定，并且赔偿金额应合理，不能随意扣减工资。
合法扣减工资的情形：
- 根据相关法律法规，公司只有在特定情况下才能合法扣减员工工资，如员工因本人原因给公司造成经济损失且需要赔偿的、员工违反公司规章制度且规章制度中有明确扣减工资规定的（但扣减比例需合理）等。
- 违章未处理并不属于上述合法扣减工资的情形。
实际操作角度
公司内部规定：
- 如果公司内部有规定，明确员工使用公司车违章未处理将扣减工资，且该规定已经过民主程序制定并公示给员工，那么公司可能在一定程度上有依据进行扣减。但即便如此，扣减的金额也应合理，不能超过员工因违章给公司造成的实际损失。
- 然而，这种内部规定不能违反法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。
员工权益保护：
- 员工有权要求公司按时足额支付工资，如果公司无故扣减工资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议
与公司沟通：
- 员工可以与公司沟通，了解公司扣减工资的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
寻求法律援助：
- 如果公司坚持扣减工资且员工认为不合理，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。
保留证据：
- 员工应保留好与公司沟通的记录、工资条、违章记录等相关证据，以便在需要时维护自己的权益。
总结：公司因员工使用公司车跑业务违章未处理而扣发工资的行为，一般是不合法的。员工有权要求公司按时足额支付工资，并在必要时寻求法律援助或咨询专业律师来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。