结论：离职申请和劳动合同解除协议不一定要一起填，是否同时填写取决于具体情况和双方协商结果。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从法律性质和目的角度

   • 离职申请：通常是由劳动者主动向用人单位提出的，表达自己希望解除劳动关系的意愿。它更多是劳动者单方面的意思表示，在未得到用人单位批准前，劳动关系并不必然解除。比如，劳动者因为个人职业发展规划，想跳槽到其他公司，就可以向现用人单位提交离职申请。
   • 劳动合同解除协议：是用人单位与劳动者双方就解除劳动合同相关事宜，如解除时间、经济补偿、工作交接等达成一致意见后签订的书面文件。一旦签订，双方就应按照协议约定履行各自义务，劳动关系自协议约定的时间起正式解除。例如，用人单位因经营战略调整需要裁员，与劳动者协商一致后签订劳动合同解除协议。
   • 是否一起填：如果劳动者主动提出离职，且用人单位同意按照劳动者提出的条件解除劳动关系，双方可以同时签订离职申请和劳动合同解除协议，明确双方权利义务。但如果双方还需要就一些细节问题进行协商，比如经济补偿金额、离职时间等，就不一定非要同时填写，可以先提交离职申请，待协商一致后再签订劳动合同解除协议。

2. 从风险防范角度

   • 对劳动者而言：如果先填写离职申请，在未签订劳动合同解除协议前，用人单位可能会对离职条件提出新的要求，或者拖延办理离职手续。比如，劳动者提交离职申请后，用人单位以工作未交接完为由，拒绝支付经济补偿或者拖延开具离职证明。因此，劳动者在提交离职申请时，最好能与用人单位协商好各项离职事宜，并尽量同时签订劳动合同解除协议，以保障自己的合法权益。
   • 对用人单位而言：如果先同意劳动者的离职申请，但未签订劳动合同解除协议，劳动者可能会在离职后提出一些额外的要求，如更高的经济补偿、未休年假工资等。例如，劳动者离职后以用人单位未支付未休年假工资为由申请劳动仲裁。所以，用人单位在收到劳动者的离职申请后，应及时与劳动者协商并签订劳动合同解除协议，明确双方的权利义务，避免后续纠纷。

3. 从实际操作角度

   • 简单离职情况：如果劳动者的离职情况比较简单，如达到法定退休年龄、劳动合同期满等，双方对离职事宜没有争议，可以同时填写离职申请和劳动合同解除协议，简化办理流程。比如，劳动者的劳动合同即将到期，且劳动者不想续签，双方可以同时办理相关手续。
   • 复杂离职情况：如果劳动者的离职涉及复杂的问题，如用人单位存在违法行为导致劳动者被迫离职、劳动者与用人单位存在劳动争议等，可能需要先通过协商、调解、仲裁等方式解决争议，待争议解决后再根据情况填写离职申请和劳动合同解除协议。例如，用人单位拖欠劳动者工资，劳动者以此为由提出被迫离职，在这种情况下，劳动者可能需要先通过劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，要求用人单位支付工资和经济补偿，待问题解决后再办理离职手续。

如果你在离职过程中遇到任何法律问题，比如用人单位拒绝支付经济补偿、拖延办理离职手续等，都可以直接向我咨询。