结论：有病历单但公司不批准相关申请（如病假、工伤认定等），您确实可以通过法律途径维护自身权益，但具体能否“告赢”需结合病历单的性质、公司行为是否违法及您主张的具体权益类型综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、若病历单用于申请病假，公司不批准可能违法

1. 法律依据
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需停止工作医疗时，企业应给予医疗期，医疗期内不得解除劳动合同，且需支付病假工资（不得低于当地最低工资标准的80%）。
   关键点：病历单是证明员工患病需休息的法定证据，公司无正当理由拒绝批准病假，可能构成违法。

2. 法律后果

   • 若公司未批准病假导致您被迫继续工作或被扣工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付病假工资、补缴社保（如因未休病假影响社保缴纳）或赔偿损失。
     
   • 示例：您因肺炎住院，医院出具病历单建议休息2周，公司以“工作繁忙”为由拒绝批假，您可凭病历单申请仲裁，要求公司支付2周病假工资（按合同约定或当地标准计算）。

二、若病历单用于申请工伤认定，公司不配合可能违法

1. 法律依据
   根据《工伤保险条例》，员工在工作时间和工作场所内因工作原因受伤，或患职业病，应认定为工伤。公司需在事故发生后30日内申请工伤认定；若公司未申请，员工或其近亲属可在1年内直接向社保部门申请。
   关键点：病历单是证明工伤医疗情况的必要材料，公司拒绝配合（如不提供材料、不盖章）不影响员工自行申请工伤认定，但可能延误流程。

2. 法律后果

   • 若公司未在30日内申请工伤认定，导致您无法享受工伤保险待遇（如医疗费报销、伤残补助金），可向劳动仲裁委申请仲裁，要求公司承担全部工伤保险待遇损失。
     
   • 示例：您在工地摔伤，医院出具病历单诊断为骨折，公司以“未购买工伤保险”为由拒绝申请工伤认定，您可自行向社保部门申请，并凭仲裁裁决要求公司支付医疗费、停工留薪期工资等。

三、若病历单用于其他劳动权益主张（如医疗期解除合同赔偿）

1. 法律依据
   根据《劳动合同法》，员工在医疗期内，公司不得以“不能胜任工作”“客观情况重大变化”等理由解除合同，否则构成违法解除，需支付赔偿金（2N，N为工作年限）。
   关键点：病历单是证明您处于医疗期、公司解除合同违法的核心证据。

2. 法律后果

   • 若公司违法解除合同，您可申请劳动仲裁，要求公司继续履行合同或支付赔偿金。
     
   • 示例：您因癌症住院治疗，医疗期尚未结束，公司以“经营困难”为由解除合同，您可凭病历单申请仲裁，要求公司支付2N赔偿金（如工作5年，则赔偿10个月工资）。

四、行动建议

1. 收集证据：除病历单外，还需保留劳动合同、工资条、考勤记录、公司拒绝批假或解除合同的书面通知等证据。
   
2. 协商优先：可先与公司沟通，明确告知其法律义务（如“根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，您需批准我X天病假”）。
   
3. 申请仲裁：若协商无果，可在1年内向劳动合同履行地或公司所在地的劳动仲裁委申请仲裁，提交仲裁申请书、证据材料（一式两份）。
   
4. 诉讼准备：若对仲裁结果不服，可在15日内向法院起诉。

提示：劳动纠纷涉及程序较多，建议根据具体诉求（如要工资、要工伤待遇、要赔偿金）制定策略。若需进一步分析病历单内容或公司行为性质，可直接向我咨询。