公司对员工采用两个制度克扣奖金是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
合法情况
合同与规章制度明确约定
- 如果公司与员工签订的劳动合同中，或者公司内部的规章制度里，明确规定了奖金的发放条件、标准以及扣减情形，并且这些规定符合法律法规的要求，那么公司在员工未满足发放条件或触发扣减情形时，依据这些规定扣除奖金是合法的。例如，合同中规定员工需完成特定业绩目标才能获得全额奖金，若员工未达标，公司按约定扣减部分奖金，这是合法的。
- 关键点：合同和规章制度需明确、合法，且已向员工公示或告知。
员工过错导致的扣减
- 若员工因违反公司规章制度、工作失职或故意行为给公司造成经济损失，且公司规章制度中对此有明确规定并已告知员工，公司有权根据规章制度扣减员工奖金作为惩罚或赔偿。但扣减应合理适度，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司财产损失，公司根据规章制度扣减其部分奖金以弥补损失，这是合法的。
- 关键点：员工需存在过错，扣减需合理适度，且不得违反最低工资标准。
非法情况
无明确约定或规定
- 如果劳动合同和公司规章制度中均未对奖金的发放与扣减作出明确规定，或者规定不明确、不合理，公司随意扣减员工奖金则构成违法。例如，公司突然以“表现不佳”为由扣减员工奖金，但合同和规章制度中均未提及此扣减情形，这是违法的。
- 关键点：缺乏明确约定或规定，或规定不合理。
无故或滥用权力扣减
- 公司无正当理由扣减员工奖金，如未提前通知、未说明扣减理由、扣减理由不充分或恶意针对员工等，均属于违法克扣。例如，公司因个人恩怨或无端猜测扣减员工奖金，这是违法的。
- 关键点：扣减需有正当理由，且需提前通知并说明理由。
法律依据与维权途径
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条规定：“用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。”
维权途径：
- 员工在遇到奖金被扣减的情况时，应首先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣减的依据和理由。
- 如协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 员工还可以选择申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：公司对员工采用两个制度克扣奖金是否合法，取决于劳动合同和规章制度的明确约定、员工是否存在过错以及扣减行为的合理性。员工在面临奖金被扣减的问题时，应了解相关法律法规，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。