结论前置：申请确认劳动关系仲裁时效的起算点，原则上是从劳动者知道或应当知道其权利被侵害之日起计算，通常为一年。但具体起算点可能因连续用工未签订书面合同、涉及社会保险等权益等特殊情况而有所不同，需结合具体情形判断。
一、一般仲裁时效的起算点
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。在确认劳动关系的争议中，这一时效同样适用。也就是说，如果劳动者认为其与用人单位之间存在劳动关系，但用人单位否认，导致劳动者无法享受相应权益，劳动者应在此情况发生后的一年内向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，以确认劳动关系。
举例说明：假设劳动者在2023年1月1日开始在某公司工作，但公司一直未与其签订书面劳动合同，也未为其缴纳社会保险。到了2023年12月1日，劳动者发现公司不承认与其存在劳动关系，此时劳动者就知道或应当知道其权利被侵害了。那么，劳动者应在2024年12月1日之前向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，以确认劳动关系。
二、特殊情况的仲裁时效起算点
连续用工未签订书面合同：在连续用工未签订书面合同的特殊情况下，仲裁时效的起算点可能会延后。通常不会简单从用工开始就计算，而是可能从劳动者明确知道或应当知道权利受侵害，如用人单位否认劳动关系时起算。
涉及社会保险等权益：当确认劳动关系是为了补缴社会保险等涉及社会公共利益的权益时，仲裁时效的认定可能会相对宽松。这是因为社会保险等权益的补缴往往涉及到劳动者的长远利益，且补缴过程可能较为复杂，需要一定的时间来准备和办理相关手续。
三、仲裁时效的中断与中止
中断：若劳动者在时效期内向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济，或用人单位同意履行义务，仲裁时效将中断，并重新计算。例如，劳动者向用人单位发送书面要求确认劳动关系的函件，或者向劳动监察部门投诉反映用人单位不承认劳动关系的问题，都可能导致仲裁时效的中断。
中止：因不可抗力或其他正当理由导致劳动者无法在时效期内申请仲裁的，仲裁时效将中止，待原因消除后继续计算。例如，劳动者因突发重大疾病住院治疗，导致无法在仲裁时效内申请仲裁，此时仲裁时效将中止，待劳动者康复出院后，仲裁时效将继续计算剩余的时间。
四、法律后果与建议
若劳动者在确认劳动关系的争议中超过了仲裁时效，仲裁机构可能不会受理该申请，或即使受理也可能不支持劳动者的主张。因此，我建议劳动者在面临劳动关系争议时，应及时了解并行使自己的权利，避免因超过仲裁时效而丧失法律保护。具体来说，劳动者可以采取以下措施：
综上所述，申请确认劳动关系仲裁时效的起算点需结合具体情况进行判断。劳动者在面对劳动关系争议时，应充分了解相关法律法规，及时采取行动以保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。