确认劳动关系时效的起算点，关键在于判断当事人是否知道或应当知道其权利被侵害，并需结合具体情况及法律法规来确定。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的时效起算点
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年。这一时效从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起开始计算。例如：
- 未签订书面劳动合同：若劳动者发现用人单位未与其签订书面劳动合同，且在工作一段时间后意识到这一点，那么仲裁时效就从劳动者知晓该情况之日起算一年内有效。
- 工资被不当扣减：员工发现工资被不当扣减，从知晓之日起开始计算时效。
二、特殊情况下的时效起算点
劳动关系存续期间的拖欠劳动报酬：
- 在劳动关系存续期间，若用人单位拖欠劳动报酬且未明确拒绝支付，一些地区的司法实践认为仲裁时效从劳动关系终止之日起算，因为劳动者在劳动关系存续期间对工资支付存在合理期待。
- 若用人单位明确表示拒绝支付，则从拒绝之日起算时效。
其他劳动争议（如加班工资、福利待遇等）：
- 仲裁时效一般从用人单位作出具体行为或决定，且劳动者知道或应当知道该行为或决定侵害其权利之日起算。例如，劳动者在收到工资条明确看到加班工资计算有误时，时效开始起算。
劳动关系解除或终止后：
- 协商一致解除：若双方就解除事宜达成一致且用人单位按约定履行义务，之后劳动者以同一事由申请仲裁，时效从约定履行期限届满之日起算；若未就争议事项达成一致，从协商解除之日起算。
- 用人单位违法解除或终止：从劳动者知道或应当知道解除或终止行为发生之日起计算。
- 劳动合同期满未续签：若形成事实劳动关系，劳动者主张未签合同权益，时效从合同期满后第二个月开始起算。
用人单位隐蔽侵权行为：
- 如未依法缴纳社会保险费，劳动者知晓或应当知晓用人单位未履行该义务时，仲裁时效开始计算。
三、时效的中断与中止
时效中断：
- 在仲裁时效期间内，如果劳动者向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济，或者用人单位同意履行义务，仲裁时效会中断并重新计算。例如，劳动者向用人单位书面要求签订劳动合同或向劳动监察部门投诉未签合同的情况，此时仲裁时效会中断，并自处理结束后重新开始计算一年。
时效中止：
- 因不可抗力（如自然灾害、战争等）或有其他正当理由，导致当事人无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁时，仲裁时效将中止。中止的原因消除后，仲裁时效将继续计算剩余时间。例如，若劳动者在仲裁时效期内因重大疾病住院治疗无法行动，则仲裁时效中止，待劳动者恢复后能够申请仲裁时继续计算。
四、诉讼时效
若劳动者对仲裁结果不满意，欲向法院提起诉讼，则需在收到仲裁裁决书之日起十五日内提起。超过此期限，可能会失去向法院提起诉讼的权利。
五、总结与建议
确认劳动关系的时效问题关乎劳动者的合法权益能否得到有效保护。因此，劳动者在遇到相关问题时应及时了解并把握时效规定，以确保自身权益不受损害。如果你对确认劳动关系的时效问题还有疑问，或者在实际操作中遇到了具体问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律意见和指导。