加班工资基数既可能来源于劳动合同，也可能来源于公司制度，但具体确定需遵循法律法规及合同约定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 劳动合同中的约定：

   • 优先性：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班工资计算基数的，且该基数不低于当地最低工资标准，应优先按照约定的基数进行计算。这是劳动合同双方意思自治的体现，也是保障劳动者权益的重要方式。
   • 具体约定：劳动合同中可能明确约定加班工资计算基数为基本工资、岗位工资、绩效工资中的某一项或某几项之和，也可能直接约定一个具体的数额。无论哪种方式，只要不违反法律法规的强制性规定，均应得到尊重和执行。

2. 公司制度中的规定：

   • 合法性要求：若劳动合同未对加班工资计算基数作出明确约定，用人单位可依法制定相关规章制度或在劳动合同中明确加班费的计算方式。但公司制度中的规定必须合法有效，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。
   • 确定方式：公司制度中可能规定加班工资计算基数为劳动者正常出勤月工资的70%，或者根据岗位、职级等因素设定不同的计算基数。但无论采用何种方式，均不得低于当地最低工资标准。

3. 法定标准与特殊情况：

   • 法定标准：若劳动合同和公司制度均未对加班工资计算基数作出明确约定，则应按照法定标准进行计算。通常，法定标准会考虑劳动者正常出勤月工资的一定比例，同时确保不低于当地最低工资标准。
   • 特殊情况：对于实行计件工资的劳动者，加班工资计算基数为法定工作时间内的计件单价；在综合计算工时工作制下，当综合计算周期为季度或年度时，应将综合周期内的月平均工资作为加班费计算基数。

4. 实际操作建议：

   • 劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班工资计算基数的约定。若合同未约定或约定不明，可要求用人单位明确说明或补充约定。同时，保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以备不时之需。
   • 用人单位：在制定加班工资计算基数时，应确保制度的合法性、合理性和透明性。避免通过模糊约定或不合理规定来损害劳动者的合法权益。同时，加强与劳动者的沟通，确保双方对加班工资计算基数有共同的理解和认识。

举例说明：假设某劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定加班工资计算基数为每月6000元，且该金额不低于当地最低工资标准。那么，在计算加班工资时，就应按照6000元作为基数进行计算。若劳动合同未约定或约定不明，而用人单位制度中规定加班工资计算基数为劳动者正常出勤月工资的70%，且该劳动者正常出勤月工资为8000元，则加班工资计算基数应为5600元（8000元×70%）。

总结与提示：加班工资基数的确定是一个涉及多个法律知识点的问题，需要综合考虑劳动合同的约定、公司制度的规定以及法定标准等因素。在实际操作中，用人单位和劳动者都应严格遵守相关法律法规，确保加班工资的合法计算与支付。若遇到相关问题或争议，可直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和帮助。