结论：公司制度规定差旅报销必须两个月内走报销流程，否则不予报销，这一规定本身并不直接违反劳动法，但其合理性及执行方式需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的合法性基础

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位有权依法制定内部规章制度，只要该制度不违反法律、行政法规及政策规定，且通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向劳动者公示或告知，即具有法律效力。因此，若公司差旅报销期限制度符合上述程序要求，且内容不违法，则其合法性可成立。

2. 报销期限的合理性边界

劳动法虽未直接规定差旅报销的具体期限，但要求用人单位的规章制度需“合理”。判断合理性需考虑：

• 行业惯例：若两个月期限符合行业普遍做法（如多数企业设定30-90天报销周期），则可能被认定为合理；
• 员工权益保障：若期限过短（如仅15天）导致员工因客观原因（如出差在外、审批流程延迟）无法及时报销，可能被认定为不合理；
• 公司管理需求：若期限过长（如超过6个月）可能增加财务风险，但需平衡员工利益。

若两个月期限在行业内属合理范围，且公司能证明该期限与财务管理需求直接相关，则制度可能被支持；反之，若期限明显不合理且损害员工权益，可能被认定为无效。

3. 执行中的例外情形

即使制度合法合理，执行中仍需考虑特殊情况：

• 不可抗力或客观障碍：如员工因公出差期间无法提交报销材料，或因公司审批流程延迟导致超期，公司应酌情处理；
• 公司未履行告知义务：若公司未通过培训、邮件等方式明确告知员工报销期限，员工可能以“不知情”为由主张权益。

建议公司： 在制度中明确例外情形及处理流程（如延期申请、特殊审批等），避免僵化执行引发纠纷。

4. 员工维权路径

若员工认为报销期限制度不合理或公司拒绝报销存在过错，可采取以下措施：

• 协商：与公司沟通，说明超期原因并要求报销；
• 投诉：向当地劳动监察部门举报公司规章制度违法；
• 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁或提起诉讼，要求公司支付报销款项及可能的经济补偿。

5. 实务建议

• 对员工：保留出差记录、报销材料及与公司沟通的证据（如邮件、聊天记录），以备维权；
• 对公司：定期评估报销期限的合理性，优化审批流程，并在制度中明确例外情形，减少纠纷风险。

总结：公司设定两个月报销期限的制度本身不违法，但需满足程序合法、内容合理、执行灵活等条件。若您或您所在公司涉及此类纠纷，可直接向我咨询具体应对方案。