结论：工程合同中乙方违约，甲方按合格工程量50%结算是否合法，不能一概而论，需结合合同约定、违约情形及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同有明确约定时
若合同明确约定乙方违约时甲方可按合格工程量50%结算：
- 合法性：根据《民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，依法成立的合同，受法律保护。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，双方就应当按照合同约定履行各自的义务。因此，如果合同中明确约定了乙方违约时甲方可按合格工程量50%结算，且该约定不违反法律强制性规定，那么这种结算方式是合法的。
- 建议：甲方在签订合同时，应确保此类条款的明确性和合理性，避免因条款模糊或显失公平而引发纠纷。
若合同未明确约定，但双方事后达成一致：
- 合法性：如果合同中没有明确约定乙方违约时的结算方式，但双方在事后就按合格工程量50%结算达成了一致意见，并形成了书面协议或补充合同，那么这种结算方式也是合法的。
- 建议：双方应确保事后达成的协议内容明确、具体，并尽可能采用书面形式，以便在发生纠纷时作为证据使用。
二、合同无明确约定，且双方未达成一致时
甲方单方面决定按合格工程量50%结算：
- 合法性：如果合同中没有明确约定乙方违约时的结算方式，且双方在事后也未就结算方式达成一致意见，那么甲方单方面决定按合格工程量50%结算可能缺乏法律依据。此时，甲方可能构成违约或侵权，需要承担相应的法律责任。
- 法律后果：乙方有权要求甲方按照实际完成的工程量进行结算，并可能要求甲方承担因违约或侵权造成的损失。
- 建议：在这种情况下，甲方应谨慎行事，避免单方面决定结算方式。双方应通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷，以维护各自的合法权益。
参考法律规定和行业惯例：
- 法律规定：根据《民法典》中关于违约责任的规定，违约方应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。如果甲方因乙方违约而遭受了损失，甲方有权要求乙方承担相应的赔偿责任。但赔偿的范围和方式应依法确定，不能随意扩大或缩小。
- 行业惯例：在建设工程领域，可能存在一些行业惯例或交易习惯。如果双方在合同中没有明确约定结算方式，且行业惯例或交易习惯中对此有明确规定，那么双方可以参照行业惯例或交易习惯进行结算。但需要注意的是，行业惯例或交易习惯不能违反法律强制性规定和公序良俗。
三、特殊情况下的考虑
乙方违约的严重性：
- 如果乙方的违约行为非常严重，如擅自停工、偷工减料等，导致工程无法继续进行或质量严重不合格，那么甲方在结算时可能有权要求乙方承担更大的违约责任，包括但不限于按合格工程量的一定比例（如50%）进行结算。但这种情况需要具体分析违约行为的性质、后果以及合同中的相关约定。
甲方的损失情况：
- 甲方在结算时还应考虑自身的损失情况。如果乙方违约给甲方造成了重大损失，如工期延误导致的额外费用、质量不合格导致的返工费用等，那么甲方在结算时有权要求乙方承担相应的赔偿责任。这些损失可以通过协商、调解或诉讼等方式进行确定和赔偿。
总结与建议：工程合同中乙方违约时甲方按合格工程量50%结算是否合法，需根据合同约定、违约情形及法律规定综合判断。在签订合同时，双方应明确约定违约时的结算方式；在发生纠纷时，双方应通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷，以维护各自的合法权益。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。