结论：甲方设定违约罚款50万是否合法，不能一概而论，需结合合同性质、违约条款设定依据及实际损失等因素综合判断。以下分情况说明：
1. 若合同为民事合同（如买卖、租赁、服务合同等）
- 合法性依据：根据《民法典》第五百八十五条，当事人可约定一方违约时向对方支付一定数额的违约金，或约定因违约产生的损失赔偿额计算方法。但违约金过高或过低的，法院或仲裁机构可根据请求予以调整。
- 关键限制：
- 违约金过高：若50万违约金显著超过甲方实际损失（如合同履行后可获利益、因违约造成的直接损失等），违约方可请求法院或仲裁机构减少违约金数额。例如，若甲方实际损失仅10万元，50万违约金可能被认定为“过高”。
- 违约金过低：若50万违约金低于实际损失，守约方可请求增加。
- 建议：需结合合同标的额、实际损失等证据，判断50万是否合理。若争议，可通过诉讼或仲裁调整。
2. 若合同涉及行政许可或强制规范（如建设工程、招投标合同）
- 合法性风险：部分行业合同受行政法规或部门规章约束，违约金条款可能需符合特定标准。例如，建设工程合同中，违约金过高可能被认定为“显失公平”或违反行业规范。
- 建议：需核查合同是否涉及特殊行业规范，避免因违反强制性规定导致条款无效。
3. 若合同为格式合同（如甲方单方制定的重复使用合同）
- 合法性审查：根据《民法典》第四百九十七条，提供格式条款一方不合理免除或减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利的，该条款无效。若50万违约金条款被认定为“加重对方责任”，可能被认定无效。
- 建议：需审查合同是否为格式合同，以及违约金条款是否公平合理。
4. 若合同涉及刑事或行政责任（如非法经营、欺诈等）
- 合法性否定：若合同本身违法（如合同目的违法），则违约金条款无效。例如，双方约定通过违法交易获利，并设定违约金，该条款因合同违法而无效。
- 建议：需首先确认合同效力，违法合同自始无效，违约金条款亦无效。
总结建议
- 核查实际损失：对比50万违约金与甲方实际损失，判断是否合理。
- 审查合同性质：确认合同是否涉及特殊行业规范或格式条款。
- 协商或诉讼调整：若争议，可协商修改条款，或通过法院/仲裁机构调整违约金数额。
如有具体合同或损失证据，可进一步提供细节，我将结合事实与法律分析条款效力。