关于政府批建自建房和邻居巷子协议的效力问题，需分情况讨论：
政府批建自建房的合法性基础
- 政府批建行为本身属于行政许可范畴，其合法性取决于是否符合《城乡规划法》《土地管理法》等强制性规定。例如，若自建房超出批准范围（如层高、面积、用途），或未取得《建设工程规划许可证》，则可能构成违法建设，此时与邻居签订的巷子协议可能因主体资格瑕疵而无效。
- 法律依据：根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。若政府批建行为违法，基于该行为签订的协议可能被认定无效。
邻居巷子协议的效力认定
- 协议内容合法性：若协议涉及巷子使用权、通行权等相邻关系，需符合《民法典》第288-296条关于相邻权的规定。例如，协议不得侵犯邻居的通风、采光、排水等合法权益，否则可能因内容违法而无效。
- 程序合法性：若协议涉及共有部分（如公共巷子）的使用，需经全体共有人同意。例如，在农村宅基地中，若巷子属于集体所有，仅部分村民签订协议可能因程序瑕疵而无效。
- 显失公平或欺诈：若一方利用优势地位迫使对方签订明显不公平的协议（如低价占用巷子），或通过隐瞒政府批建瑕疵（如未告知自建房违法）诱使对方签约，受损害方可依据《民法典》第147-151条请求撤销协议。
实务中的关键证据与维权路径
- 证据收集：需保留政府批建文件（如《建设工程规划许可证》）、协议原件、现场照片、沟通记录等，以证明协议内容、履行情况及对方过错。
- 维权方式：
- 协商：优先通过村委会、居委会等基层组织调解。
- 行政投诉：向自然资源部门举报违法建设，要求撤销批建许可。
- 民事诉讼：以“协议无效”或“撤销协议”为由起诉，要求返还财产或赔偿损失。
- 行政诉讼：若政府批建行为违法，可起诉要求撤销行政许可。
典型案例参考：
- 某村村民A与B签订协议，约定A支付5万元获得B宅基地旁巷子的独家使用权。后A发现巷子属集体所有，且B未取得其他共有人同意。法院认定协议因程序违法无效，B返还5万元并赔偿A部分损失。
- 村民C在未取得《建设工程规划许可证》的情况下扩建房屋，并与邻居D签订协议承诺“不占用公共巷子”。后C实际占用巷子，D起诉要求撤销协议。法院以C欺诈为由支持D的诉求。
建议行动步骤：
- 核查政府批建文件的合法性（如是否超范围、是否公示）；
- 确认协议是否涉及共有部分及共有人同意情况；
- 评估协议内容是否公平、是否侵犯相邻权；
- 根据结果选择协商、投诉或诉讼，并提前固定证据。
如有进一步细节（如协议具体条款、政府批建文件内容），可向我提供，以便更精准分析。