在上游企业因虚开发票被判刑的情况下，下游企业的调查通常由税务机关或公安机关进行，具体取决于案件的性质和阶段。以下是对此问题的详细分析：
一、税务机关的调查
税务稽查：
- 税务机关在日常的税务稽查工作中，如果发现下游企业存在接受虚开发票的嫌疑，会依法进行调查。
- 调查内容可能包括发票的来源、真实性、交易的真实性等，以确认下游企业是否存在违法行为。
专项检查：
- 在上游企业因虚开发票被判刑后，税务机关可能会针对相关行业或领域开展专项检查，以排查是否存在其他接受虚开发票的企业。
- 下游企业如果在此范围内，可能会受到税务机关的调查。
二、公安机关的调查
刑事侦查：
- 如果上游企业的虚开发票行为涉嫌犯罪，并且下游企业可能与之有关联，公安机关可能会介入调查。
- 公安机关的调查将更加深入和全面，可能包括询问相关人员、查封扣押相关财物、调取相关证据等。
协同作战：
- 在某些情况下，税务机关和公安机关可能会协同作战，共同调查虚开发票案件。
- 这种协同作战可以充分发挥各自的优势，提高调查效率和质量。
三、下游企业的应对建议
配合调查：
- 如果下游企业受到税务机关或公安机关的调查，应积极配合，提供必要的资料和证据。
- 拒绝配合或提供虚假信息可能会加重企业的法律责任。
自查自纠：
- 下游企业应定期进行自查自纠，确保自身的发票管理和交易行为符合法律法规的要求。
- 如果发现存在问题，应及时整改并主动向税务机关报告。
寻求法律帮助：
- 如果下游企业在调查过程中遇到法律问题或困惑，可以寻求专业律师的帮助。
- 律师可以提供法律咨询、代理申诉等服务，帮助企业维护自身合法权益。
四、法律后果
- 如果下游企业被证实存在接受虚开发票的违法行为，可能会面临税务机关的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 在严重情况下，如果下游企业的行为涉嫌犯罪，还可能面临刑事责任的追究。
总结来说，上游企业因虚开发票被判刑后，下游企业的调查通常由税务机关或公安机关进行。下游企业应积极配合调查，自查自纠，并在必要时寻求法律帮助，以维护自身合法权益并避免法律风险。如果您或您的企业遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。