结论：施工单位未按合同约定购买保险，结算时能否扣费需分情况讨论，主要取决于合同条款约定、法律规定及实际损失情况。以下从不同角度展开分析：

1. 合同有明确约定：可按约定扣费

若合同中明确约定“施工单位未购买约定保险的，发包方有权从结算款中扣除相应费用”（或类似条款），则发包方可依据合同直接扣费。
法律依据：

• 《民法典》第509条：当事人应按约定全面履行义务。
  
• 第577条：违约方需承担继续履行、赔偿损失等违约责任。
  操作要点：
  
• 需证明施工单位未履行合同义务（如保险单、缴费凭证等）；
  
• 扣费金额应与合同约定一致，避免超额扣减引发争议。

2. 合同无明确约定：需以实际损失为前提

若合同未约定扣费条款，发包方不能直接扣费，但可要求施工单位赔偿因未购买保险导致的实际损失。例如：

• 因未购买工程一切险，导致工程受损后无法获赔，发包方可要求施工单位承担修复费用；
  
• 因未购买工伤保险，导致工人受伤后发包方被追责，可要求施工单位赔偿损失。
  法律依据：
  
• 《民法典》第584条：违约方需赔偿对方因违约造成的损失，包括合同履行后可获利益。
  操作要点：
  
• 需证明损失与未购买保险的因果关系（如事故认定书、赔偿协议等）；
  
• 损失金额需合理，避免过度索赔。

3. 特殊情形：保险为法定强制义务时

若法律明确规定施工单位必须购买某类保险（如工伤保险、安全生产责任险），而施工单位未购买，则：

• 发包方可向行政主管部门举报，由相关部门处罚施工单位；
  
• 若因未购买保险导致发包方被行政处罚或承担连带责任，可要求施工单位赔偿损失。
  法律依据：
  
• 《安全生产法》第51条：高危行业需购买安全生产责任险；
  
• 《社会保险法》第33条：施工单位需为职工缴纳工伤保险。
  

实务建议

1. 发包方：

   • 在合同中明确保险种类、金额及违约责任（如扣费比例、赔偿范围）；
     
   • 定期检查施工单位保险购买情况，留存书面证据；
     
   • 发生争议时，优先通过协商解决，协商不成可诉讼或仲裁。
     

2. 施工单位：

   • 严格按合同购买保险，避免违约；
     
   • 若因客观原因无法购买，应及时与发包方沟通并补充协议；
     
   • 保留保险单、缴费凭证等证据，防范被扣费风险。
     

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。