在司法鉴定过程中，若遇到合同中未约定材料调差的情况，我们可以按照以下步骤来处理：

一、依据法律法规与交易习惯

首先，我们需要参照适用的相关法律法规以及行业内的交易习惯来进行判定。根据《中华人民共和国民法典》第五百一十条的规定，合同生效后，如果当事人就质量、价款等关键内容没有约定或者约定不明确，那么双方可以协议进行补充；如果无法达成补充协议，就应当按照合同的相关条款或者交易习惯来确定。例如，在长期的货物买卖或建筑工程合同中，如果双方一直遵循某种根据成本变动比例来调整价格的交易习惯，那么在这次合同中也可以参照这一习惯来处理调差问题。

二、友好协商

如果法律没有明确规定，且没有可遵循的交易习惯，那么双方应当通过友好协商来解决调差问题。在协商过程中，我们需要全面权衡市场价格波动对合同履行的影响，以及双方的履行能力等因素。比如，在建筑工程合同中，如果原材料价格大幅上涨，双方可以协商约定根据市场价格指数来调整材料价格，以确保合同的公平性和可执行性。

三、诉诸法律程序

如果协商无法达成一致，那么双方可以诉诸诉讼或仲裁等法律程序来解决争议。在这种情况下，主张调差的一方需要承担举证责任，证明价格波动已经超越了正常商业风险的范畴，并且对合同的公正履行产生了实质性的负面影响。根据《中华人民共和国民事诉讼法》和《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，我们可以选择向法院提起诉讼或者根据合同中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁。

四、审计与审查

在处理调差问题的过程中，我们还可以进行审计与审查，以更准确地了解合同的相关条款、市场价格比对以及实际结算情况等方面。具体来说，我们可以：

1. 检查合同中是否有其他与材料价格、变更相关的条款，这些条款可能为我们提供处理调差的线索或依据。
2. 通过与市场价格进行对比，判断材料成本是否合理，以及价格波动是否超出了正常范围。
3. 审查实际支付的材料费用与合同约定是否一致，以发现可能存在的差异或问题。

五、建议与预防

为了避免未来类似争议的发生，我们建议在签订合同时就明确调差的相关条款。这些条款可以包括价格调整的触发条件、调整方式、调整周期等具体内容。如果合同已经签订但未约定调差条款，我们可以在处理完当前争议后签订补充协议来明确处理方式。此外，我们还可以采取合适的市场比价机制来确保成本控制和合同履行的公平性。

综上所述，处理合同中未约定材料调差的问题需要遵循法律法规和交易习惯，通过友好协商达成补充协议；如果协商不成，可以诉诸法律程序并充分举证；同时，为了避免未来争议的发生，我们建议在合同中明确相关条款并采取预防措施。