借调人员留在公司新成立的机构，其人员编制是否会变，这主要取决于借调协议的具体内容、公司内部的人事政策以及新成立机构的性质和需求。以下从几个不同角度进行分析：
借调协议的内容：
- 如果借调协议中明确规定了借调期限，且在期限内或借调结束后，借调人员需返回原部门或单位，那么在新成立的机构中，这些人员的编制通常不会直接变更。他们可能只是在新机构中临时工作，编制仍属于原部门。
- 如果借调协议中包含了关于借调结束后人员编制调整的条款，比如借调人员在新机构中表现优秀，经双方协商同意，可以将其编制调整至新机构，那么在这种情况下，人员编制是会发生变化的。
公司内部的人事政策：
- 公司内部的人事政策对借调人员的编制调整也有重要影响。如果公司有明确的政策规定，借调人员在新机构中工作一定时间后，可以根据工作表现和需要，将其编制调整至新机构，那么人员编制就可能发生变化。
- 反之，如果公司政策没有相关规定，或者规定借调人员编制不变，那么即使借调人员在新机构中工作，其编制也不会发生变化。
新成立机构的性质和需求：
- 新成立机构的性质和需求也是决定借调人员编制是否变化的重要因素。如果新机构需要长期、稳定的工作人员，且借调人员符合新机构的工作要求和编制条件，那么公司可能会考虑将借调人员的编制调整至新机构。
- 如果新机构只是临时性、项目性的机构，或者借调人员不符合新机构的编制条件，那么公司可能不会调整其编制。
建议：
- 对于借调人员来说，如果关心自己的编制问题，最好在借调前与公司或原部门明确借调期限、编制调整等关键条款，并签订书面的借调协议。
- 在借调期间，借调人员应积极了解新机构的工作要求和编制政策，以便在借调结束时能够做出合理的职业规划。
- 如果公司或新机构有关于编制调整的意向或政策，借调人员应及时与公司或新机构沟通，了解具体情况并做出相应准备。
总之，借调人员留在公司新成立的机构，其人员编制是否会变并没有一个固定的答案，而是需要根据具体情况进行判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。