结论：在自家建羊舍被认定为违建时，您可以先与当地城乡规划部门或综合行政执法部门沟通说明情况；若沟通无果，可申请行政复议或提起行政诉讼来维护自身权益。以下是对该问题的详细分析：

一、违建的认定依据

1. 法律法规：根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，建设建筑物、构筑物等需要符合城乡规划，并依法取得建设工程规划许可证。若未取得相关许可或违反规划要求进行建设，则可能被认定为违建。
2. 地方性规定：除了国家层面的法律法规，各地还可能根据实际情况制定地方性规定，对建设行为进行更具体的规范。因此，在判断羊舍是否违建时，还需考虑当地的具体规定。

二、沟通与协商

1. 与相关部门沟通：当您被告知羊舍是违建时，首先可以尝试与当地城乡规划部门或综合行政执法部门进行沟通，了解违建的具体原因和依据。通过沟通，您可以更好地了解情况，并可能找到解决问题的途径。
2. 提供相关证据：如果您认为羊舍的建设是合法的，或者存在特殊情况（如历史遗留问题、紧急避险等），您可以向相关部门提供相关证据，以支持您的观点。

三、申请行政复议或提起行政诉讼

1. 行政复议：如果您与相关部门沟通无果，认为其认定违建的决定存在错误或不当，您可以向上一级行政机关申请行政复议。行政复议是一种行政救济途径，通过复议机关的审查，可以纠正错误的行政决定。
2. 行政诉讼：如果您对行政复议的结果不满意，或者认为相关部门的行为侵犯了您的合法权益，您可以向人民法院提起行政诉讼。在诉讼过程中，法院将依法审理案件，并作出公正的判决。

四、注意事项

1. 保留证据：在整个过程中，您需要保留好与羊舍建设相关的所有证据，包括建设许可、设计图纸、施工合同等。这些证据将在后续的沟通、复议或诉讼中发挥重要作用。
2. 遵守法律程序：在处理违建问题时，您需要遵守法律程序，不得采取过激行为或妨碍公务。否则，您可能会面临法律责任。
3. 寻求专业帮助：如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师将为您提供法律咨询和代理服务，帮助您更好地维护自身权益。

建议：在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，通过合法途径来维护自身权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。