结论：员工超期申请工伤认定，若在申请时写明是单位原因，一般情况下单位不能以此为由开除员工，但具体还需结合实际情况判断。

分析如下：

1. 工伤认定的超期与单位责任：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工应在规定时间内申请工伤认定。若因单位原因导致员工超期申请，单位应承担相应责任。这通常意味着，单位不能因员工超期申请而简单地将其开除，因为超期的原因在于单位本身。

2. 单位开除员工的合法性：

   • 单位开除员工必须基于合法、合理的理由，并遵循法定程序。若单位仅因员工超期申请工伤认定（且该超期是由单位原因造成的）就开除员工，这很可能构成违法解除劳动合同。
   • 根据《劳动合同法》的规定，单位违法解除劳动合同的，应支付赔偿金给员工。赔偿金的标准通常是员工在单位工作年限对应的月工资的两倍。

3. 员工应如何应对：

   • 若员工因单位原因超期申请工伤认定，并担心被开除，应首先收集相关证据，如与单位沟通的记录、工伤事故的相关证明等。
   • 员工可以向劳动监察部门投诉单位的违法行为，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 在整个过程中，员工应保持冷静，遵循法律程序，不要采取过激行为。

4. 特殊情况考虑：

   • 尽管一般情况下单位不能因员工超期申请工伤认定而开除员工，但也存在一些特殊情况。例如，若员工在超期申请的同时，还存在其他严重违反单位规章制度的行为，单位可能以此为由开除员工。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。

建议：

• 对于员工而言，若因单位原因超期申请工伤认定，并担心被开除，应及时咨询专业律师（即我，贾志波律师，专注于劳动纠纷领域），了解自己的权益和应对策略。
• 对于单位而言，应严格遵守相关法律法规，及时为员工申请工伤认定，避免因此产生不必要的法律纠纷。

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